结论：债权人仅起诉连带保证人不起诉借款人时，法院不一定会以偿还金额未能查清为由判决驳回。具体是否驳回，需结合案件实际情况，依据相关法律规定和证据情况进行综合判断。
分析说明：
连带保证人的责任：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，连带责任保证的债务人在主合同规定的债务履行期届满没有履行债务的，债权人可以要求债务人履行债务，也可以要求保证人在其保证范围内承担保证责任。这意味着，在连带保证的情况下，债权人有权选择仅起诉保证人，而不必同时起诉借款人。
法院审理的重点：
- 当债权人仅起诉连带保证人时，法院审理的重点将是保证人是否应承担保证责任，以及承担保证责任的范围。这通常涉及对借款合同、保证合同等证据的审查，以确定借款金额、保证方式、保证范围等关键事实。
- 如果债权人能够提供充分的证据证明借款事实、保证事实以及借款人未履行还款义务的事实，那么法院通常不会因为借款人未被起诉而驳回债权人的诉讼请求。
偿还金额的查清：
- 虽然偿还金额的查清是法院审理债务纠纷案件时的一个重要方面，但它并不是法院驳回债权人诉讼请求的唯一或决定性因素。
- 如果债权人能够提供足够的证据来证明借款金额、已还款金额以及未还款金额，那么即使借款人未被起诉，法院也可以根据这些证据来认定偿还金额，并据此作出判决。
可能的法律后果：
- 如果法院认为债权人提供的证据不足以证明其主张，或者存在其他影响判决的因素（如保证合同无效、保证期间已过等），那么法院可能会驳回债权人的诉讼请求。
- 但这种情况下的驳回并不是因为借款人未被起诉，而是因为债权人未能提供充分的证据来支持其主张。
法律建议：
- 作为债权人，在仅起诉连带保证人时，应确保提供充分的证据来证明借款事实、保证事实以及借款人未履行还款义务的事实。这包括借款合同、保证合同、转账记录、催款记录等。
- 如果可能的话，债权人可以尝试与借款人进行协商，以获取更多的证据或达成和解协议。这有助于增强债权人在诉讼中的地位，提高胜诉的可能性。
- 如果债权人担心法院可能因借款人未被起诉而驳回诉讼请求，可以考虑在起诉时申请法院追加借款人为共同被告，或者在实际诉讼过程中根据法院的建议或要求追加借款人。
特殊场景：
- 如果保证合同中明确约定了保证人承担保证责任的范围和方式，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么法院在审理时将严格依据合同约定进行判决。在这种情况下，即使借款人未被起诉，法院也可能根据保证合同的约定来认定保证人的责任范围。
行动建议：
- 如果你作为债权人遇到了类似的情况，建议及时咨询专业律师，以便更好地了解你的权利和义务，以及如何制定有效的诉讼策略。
- 在诉讼过程中，要积极配合法院的审理工作，提供充分的证据来支持你的主张，并关注法院的审理进度和判决结果。
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