结论：员工自动离职并签字承认工资结清后，在特定条件下仍有可能主张加班费和年假补偿，但需结合具体情况分析。以下从不同角度展开说明：
一、签字结清工资的效力与限制
工资结清的范围
若员工签字确认的“工资结清”仅针对正常工作时间工资（如基本工资、岗位津贴等），而未明确包含加班费、年假补偿等额外劳动报酬，则员工仍有权主张未结清的部分。
法律依据：根据《劳动法》第四十四条，加班费属于法定劳动报酬，用人单位必须支付；根据《职工带薪年休假条例》第五条，未休年假的补偿（日工资收入的300%）同样属于法定权益。若协议未明确放弃这些权益，员工可主张。
协议的合法性审查
若协议中明确约定“员工放弃加班费、年假补偿等所有权益”，需审查是否存在显失公平或欺诈、胁迫情形。例如：
- 员工因急需离职被迫签字，且未充分理解协议内容；
- 协议条款排除劳动者主要权利，违反《劳动合同法》第二十六条“免除用人单位法定责任、排除劳动者权利”的规定。
若存在上述情形，协议可能被认定无效，员工仍可主张权益。
二、主张加班费和年假补偿的条件
加班费的举证责任
员工需提供证据证明存在加班事实，如：
- 考勤记录、加班审批单、工作邮件往来等；
- 同事证言（需与其他证据相互印证）。
若无法举证，可能承担败诉风险。
年假补偿的时效限制
根据《劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效为1年，从当事人知道或应当知道权益被侵害之日起计算。
- 若员工离职后1年内未主张年假补偿，可能因超过时效而丧失胜诉权；
- 但若用人单位未依法安排休假且未支付补偿的行为持续存在，时效可能从离职时起算。
三、实务建议
对员工的建议
- 仔细审查离职协议内容，明确“工资结清”是否包含加班费、年假补偿；
- 保留加班证据（如考勤记录、工作记录）及未休年假的证明（如单位未安排休假的通知）；
- 若协议存在显失公平条款，可向劳动仲裁委申请撤销协议，并主张权益。
对用人单位的建议
- 离职协议中应明确列明“工资结清”的具体范围（如“包括基本工资、加班费、年假补偿等”），避免歧义；
- 确保协议签订过程合法合规，避免胁迫、欺诈情形；
- 依法安排员工休假或支付补偿，降低法律风险。
四、典型案例参考
- 案例1：员工签字确认“工资已结清”，但协议未明确包含加班费。法院审理后认为，加班费属于法定劳动报酬，用人单位未举证已支付，判决支付加班费。
- 案例2：员工因单位未安排休假且未支付补偿离职，离职后1年内申请仲裁，法院支持年假补偿请求。
- 案例3：员工在胁迫下签订放弃权益协议，法院认定协议无效，支持员工主张加班费和年假补偿。
总结：员工自动离职并签字结清工资后，能否主张加班费和年假补偿需结合协议内容、举证情况及时效综合判断。若您遇到类似问题，可直接向我咨询，我将结合具体案情为您提供专业分析。