公司迟到被罚100元是否违法，需结合具体情况判断，不能一概而论。以下从多个角度进行分析：
一、合法性角度
规章制度制定程序：
- 根据《劳动合同法》的规定，用人单位在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定，并向员工公示告知。如果公司关于迟到扣100元的规定经过了上述合法程序制定，并且已经向员工进行了公示，那么在程序上，这一规定是符合法律要求的。
不违反法律强制性规定：
- 我国法律法规并未明确规定迟到罚款的具体标准，但罚款行为不能违反法律的强制性规定。特别是，罚款后劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。如果因为迟到一次扣100元，导致劳动者当月的工资低于当地最低工资标准，那么这种扣款行为就是违法的。
二、合理性角度
与实际损失相关：
- 如果公司能够证明员工迟到给公司造成了经济损失，比如影响了生产进度、订单交付延迟等，并且扣除的100元在合理弥补损失的范围内，那么这种扣款行为在一定程度上是具有合理性的。然而，这种合理性也需要在法律允许的范围内进行考量。
与薪酬结构和整体待遇匹配：
- 如果公司的整体薪酬水平较高，员工对迟到扣款的规定知晓并接受，且公司在其他方面给予了员工较好的福利待遇，那么迟到一次扣100元可能被视为一种合理的惩罚措施。相反，如果公司的薪酬水平较低，迟到扣款占员工收入的比例较大，那么这种扣款规定就可能显得不合理。
三、劳动者权益保护
- 如果劳动者认为公司的扣款行为不合理或不合法，首先应当与公司进行沟通协商，尝试解决问题。如果协商不成，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
四、具体建议
- 对于劳动者：在面对公司迟到扣款的规定时，首先要了解自己的权益和公司的规章制度。如果认为扣款不合理或不合法，要勇敢地站出来维护自己的权益。同时，也要尽量遵守公司的规章制度，避免不必要的纠纷。
- 对于公司：在制定规章制度时，要确保程序的合法性和内容的合理性。罚款不是目的，而是为了维护公司的正常秩序和员工的纪律性。因此，在制定罚款标准时，要充分考虑员工的实际情况和公司的整体利益。
总结来说，公司迟到被罚100元是否违法，需要综合考虑规章制度的合法性、罚款的合理性及其与实际损失的关联性，以及薪酬结构和整体待遇的匹配度。如果劳动者对此有疑问或认为扣款不合理，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。