公司迟到扣100元是否合法，需结合具体情况判断，不能一概而论。以下从多个角度为你详细分析：
一、合法性角度
规章制度制定程序合法性：
- 根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，应当经过职工代表大会或者全体职工讨论，与工会或者职工代表平等协商确定，并向员工公示告知。如果公司关于迟到扣100元的规定经过了上述合法程序制定，并且已经向员工进行了公示，那么在程序上，这一规定是符合法律要求的。
不违反法律强制性规定：
- 我国法律法规并未明确规定迟到罚款的具体标准，但罚款行为不能违反法律的强制性规定。特别是，罚款后劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。如果因为迟到一次扣100元，导致劳动者当月的工资低于当地最低工资标准，那么这种扣款行为就是违法的。
二、合理性角度
与实际损失相关：
- 如果公司能够证明员工迟到给公司造成了经济损失，比如影响了生产进度、订单交付延迟等，并且扣除的100元在合理弥补损失的范围内，那么这种扣款行为在一定程度上是具有合理性的。
与薪酬结构和整体待遇匹配：
- 如果公司的整体薪酬水平较高，员工对迟到扣款的规定知晓并接受，且公司在其他方面给予了员工较好的福利待遇，那么迟到一次扣100元可能被视为合理。相反，如果公司的薪酬水平较低，迟到扣款占员工收入的比例较大，那么这种扣款规定就可能显得不合理。
三、劳动者权益保护
- 作为劳动者，如果你认为公司的扣款行为不合理或不合法，首先可以尝试与公司进行沟通协商，表达你的观点和诉求。
- 如果协商不成，你可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
四、具体建议
- 了解公司规章制度：在入职时或工作中，务必了解公司的各项规章制度，特别是与薪酬、考勤相关的部分，以便在出现问题时能够及时应对。
- 保留证据：如果公司存在不合理的扣款行为，记得保留相关证据，如工资条、考勤记录、公司规章制度等，以便在需要时进行维权。
- 及时沟通：遇到问题时，及时与公司沟通，表达自己的观点和诉求，寻求合理的解决方案。
综上所述，公司迟到扣100元是否合法，需要综合考虑规章制度的合法性、罚款的合理性及其与实际损失的关联性，以及薪酬结构和整体待遇的匹配度。如果你对此有疑问或认为公司的扣款行为不合理，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供专业的法律建议。