迟到一次扣一百是否合法，不能一概而论，需要结合具体情况来判断。以下从不同角度进行分析：

1. 公司规章制度的角度：

   • 如果公司的规章制度中明确规定了迟到一次扣一百元的处罚措施，并且该规章制度已经经过民主程序制定（如职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定），且已向劳动者公示或告知，那么这种处罚在规章制度范围内是合法的。
   • 但需要注意的是，即使规章制度中有这样的规定，如果处罚过于严苛，与劳动者迟到的行为所造成的损失不成比例，劳动者仍然可以依据《劳动合同法》的相关规定，主张该处罚无效或要求调整。

2. 法律法规的角度：

   • 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
   • 应用到本题中：如果迟到一次并未给用人单位造成直接经济损失，或者造成的损失远低于一百元，那么用人单位直接扣一百元可能缺乏法律依据。即使造成了损失，扣除的金额也应遵循上述比例限制。

3. 实际操作与合理性的角度：

   • 在实际操作中，用人单位对劳动者的迟到行为进行处罚时，应考虑到处罚的合理性和必要性。过于严苛的处罚可能引发劳动者的不满和抵触情绪，不利于劳动关系的和谐稳定。
   • 建议：用人单位可以采取更为灵活和人性化的管理方式，如设置迟到预警、提供补勤机会、进行绩效扣分等，以替代直接的金钱处罚。

总结与建议：

• 迟到一次扣一百是否合法，需结合公司规章制度、法律法规以及实际操作中的合理性来综合判断。
• 如果用人单位的规章制度合法有效，且处罚措施与劳动者迟到的行为所造成的损失相称，那么这种处罚是合法的。
• 如果处罚过于严苛或缺乏法律依据，劳动者可以与用人单位协商调整处罚措施，或向劳动监察部门投诉举报。
• 如有具体疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。