结论：公司因员工迟到一分钟而罚款一百元的行为，一般是不合法的。以下从多个角度进行分析：
法律角度
罚款的合法性：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关法律法规，用人单位并非行政机关，不具有罚款的权力。因此，公司直接对员工进行罚款，缺乏法律依据。
- 罚款通常属于行政处罚范畴，只能由法律授权的行政机关或特定组织（如交通管理部门对违章行为的罚款）实施。公司作为民事主体，无权对员工进行罚款。
规章制度的有效性：
- 即使公司内部规章制度规定了迟到罚款的条款，该条款也可能因违反法律法规而无效。根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》等相关司法解释，用人单位的规章制度不得违反法律、行政法规的规定，否则无效。
- 规章制度的有效性还取决于其制定程序是否合法，如是否经过民主程序制定、是否已向劳动者公示等。若程序不合法，规章制度同样无效。
工资扣除的限制：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 迟到一分钟通常不会直接造成公司经济损失，且即使造成损失，罚款金额也应合理，并受上述工资扣除限制的约束。
实际操作角度
罚款的合理性：
- 从实际操作角度看，迟到一分钟罚款一百元显然不合理。这种罚款方式过于严苛，不符合公平、合理的原则。
- 公司应通过合理的管理制度来激励员工遵守纪律，如设立全勤奖、提供弹性工作时间等，而不是采取简单的罚款方式。
员工权益保护：
- 员工有权拒绝不合理的罚款要求。若公司坚持罚款，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 员工在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于规章制度、工资扣除等方面的内容，确保自己的权益不受侵害。
建议
对于公司：
- 公司应重新审视其规章制度，确保符合法律法规的要求。
- 公司应采用更加合理、人性化的管理方式，如通过沟通、培训等方式提高员工的纪律意识，而不是简单地采取罚款措施。
对于员工：
- 若遇到公司不合理罚款的情况，员工应勇敢站出来维护自己的权益。
- 员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司撤销不合理的罚款决定，并可能获得相应的赔偿。
示例：假设某员工因迟到一分钟被公司罚款一百元，该员工可以向劳动监察部门投诉，说明公司罚款缺乏法律依据且不合理。劳动监察部门将进行调查，并根据调查结果作出相应处理。若公司坚持罚款且无法提供合法依据，该员工还有权申请劳动仲裁，要求公司返还罚款并可能获得赔偿。
总之，公司因员工迟到一分钟而罚款一百元的行为一般是不合法的。员工应了解自己的权益并勇敢维护，公司也应遵守法律法规并采用合理的管理方式。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。