关于“公司迟到罚款是否合法”的问题，这确实是一个涉及劳动者权益和公司管理规定的常见疑问。以下是对此问题的详细解答：
一、法律背景与依据
《企业职工奖惩条例》的废止：
- 自2008年1月15日起，《企业职工奖惩条例》被废止，这意味着国家层面的法律不再直接赋予用人单位对员工进行罚款的权力。
《立法法》与《行政处罚法》的规定：
- 根据这两部法律，对财产的处罚应由法律、法规和规章设定，用人单位无权在规章制度中自行设定罚款条款。
二、合法性分析
一般情况下，单位无罚款权：
- 在没有法律、法规或规章明确授权的情况下，用人单位通常不得对员工进行罚款。
特殊情形下的合法性：
- 与绩效工资关联：如果用人单位的规章制度明确规定，迟到会影响员工的绩效考核，进而影响绩效工资的发放，并且这一规定不违反法律法规，那么这种做法通常被认为是合法的。因为绩效工资与员工的表现直接相关，用人单位有权根据员工的表现进行考核和调整。
- 因迟到造成经济损失的赔偿：如果员工的迟到行为直接给用人单位造成了经济损失，并且双方劳动合同中有相关赔偿约定，那么用人单位可以要求员工按约定进行赔偿。但赔偿金额需符合《工资支付暂行规定》，即每月扣除部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
三、员工权益保护与建议
协商与沟通：
- 如果员工认为单位的罚款行为不合法，首先应与单位进行协商解决，尝试通过沟通来达成双方都能接受的解决方案。
法律途径维权：
- 如果协商不成，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在申请劳动仲裁时，员工需要提供相关证据来证明单位的罚款行为不合法。
对用人单位的建议：
- 用人单位在制定相关规章制度时，应确保其内容合法、合理，并充分保障员工的合法权益。同时，应明确告知员工相关规章制度的内容，确保员工在入职时就能充分了解并遵守。
- 如果用人单位想要对员工的迟到行为进行约束，可以考虑通过设立全勤奖、年终奖与考勤挂钩等方式来激励员工遵守考勤制度，而不是直接采取罚款的方式。
综上所述，公司迟到罚款的合法性并非一概而论，而是需要根据具体情况进行判断。用人单位在制定相关规章制度时，应确保其内容符合法律法规的要求，并充分保障员工的合法权益。同时，员工在面临此类问题时也应了解自己的法律权益，并通过合法途径来维护自身利益。