迟到一次扣50元是否合法，主要取决于用人单位是否有明确且合法的规章制度作为依据，以及扣款金额是否合理且符合法律法规的限制。以下是对此问题的详细分析：
合法的情形
规章制度明确且合法：
- 用人单位已依法制定规章制度，并明确规定迟到扣除工资的标准（如迟到一次扣50元）。
- 规章制度的制定经过了民主程序，如职工代表大会讨论通过，并已向全体员工公开公示。
- 扣款行为符合规章制度的规定。
扣款金额合理：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20％。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 在此情境下，如果迟到一次扣50元，且该扣款未超过劳动者当月工资的20%，同时扣除后的工资不低于当地最低工资标准，那么这种扣款行为是合法的。
不合法的情形
无规章制度依据：
- 用人单位没有制定相关规章制度，或规章制度中没有明确规定迟到扣款的标准。
规章制度制定程序不合法：
- 规章制度的制定未经过民主程序，或未向全体员工公开公示。
扣款金额不合理：
- 扣款金额超过了劳动者当月工资的20%。
- 扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准。
其他不合理情况：
- 即使有用人单位合法的规章制度规定迟到扣工资，但如果扣款金额与劳动者迟到行为对工作造成的影响明显不成比例，也可能被视为不合理。例如，对于低薪员工而言，高额的扣款可能构成不合理的经济压力。
劳动者权益保护
如果劳动者认为用人单位的迟到扣款行为侵犯了自己的合法权益，可以采取以下措施维护自己的权益：
- 协商解决：首先尝试与用人单位进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
- 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理。
- 申请劳动仲裁：如果投诉未能解决问题，劳动者还可以依法申请劳动仲裁，通过法律途径来维护自己的合法权益。
总结来说，迟到一次扣50元是否合法，需要综合考虑用人单位的规章制度、扣款金额的合理性以及法律法规的规定。在实际操作中，用人单位应确保规章制度的合法性、合理性和透明性，避免随意扣款引发劳动争议。劳动者在遇到相关问题时应了解自己的权益，并采取适当的措施进行维权。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。