迟到五分钟内扣50元是否合法，需分情况讨论：

1. 若公司规章制度或劳动合同中有明确规定：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
   • 如果公司规章制度或劳动合同中明确规定了迟到五分钟内扣50元的条款，并且该条款的制定过程符合上述法定程序，且内容不违反法律、行政法规及政策规定，不存在明显不合理的情形，那么该条款是有效的，公司可以依据此条款对迟到员工进行扣款。但即便如此，扣款金额也不应超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。

2. 若公司规章制度或劳动合同中无明确规定：

   • 如果公司规章制度或劳动合同中没有明确规定迟到五分钟内扣50元的条款，那么公司单方面对员工进行扣款就缺乏法律依据。
   • 在这种情况下，员工有权拒绝公司的扣款要求，并可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

额外建议：

• 对于员工而言，如果认为公司的扣款规定不合理或违法，可以首先与公司进行协商，要求公司撤销或修改不合理的扣款规定。
• 如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，通过法律途径来维护自己的权益。
• 对于公司而言，在制定规章制度或劳动合同条款时，应确保条款内容合法、合理，并经过法定程序讨论和确定，以避免因条款违法或不合理而引发的劳动争议。

总结：迟到五分钟内扣50元是否合法，取决于公司规章制度或劳动合同中是否有明确规定，以及该规定是否合法、合理。如果规定合法且合理，公司可以依据此规定进行扣款；如果规定不合法或不合理，员工有权拒绝扣款并维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。