迟到3分钟扣50元工资是否合法，需分情况讨论：

1. 若劳动合同或公司规章制度中有明确规定，且规定合法合理：

   • 首先，要明确的是，单纯的“迟到罚款”并不直接受《劳动法》或《劳动合同法》的明确禁止，但罚款的金额和方式必须合法合理。根据相关规定，扣除的工资不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
   • 在此情况下，如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了迟到3分钟扣50元，并且这一规定不违反上述工资扣除的限制，同时该规章制度已经过民主程序制定并公示，那么从形式上看，这种扣除可能是合法的。但合理性仍存疑，因为3分钟的迟到与50元的扣除之间可能缺乏合理的比例关系。

2. 若劳动合同或公司规章制度中无明确规定，或规定不合法合理：

   • 如果劳动合同或公司规章制度中没有明确规定迟到3分钟扣50元，或者该规定违反了工资扣除的限制（如扣除超过工资的20%，或扣除后工资低于最低工资标准），那么这种扣除就是不合法的。
   • 此外，即使规章制度中有规定，但如果该规定未经民主程序制定或未公示，也可能被视为无效，从而使得扣除行为不合法。

3. 从实际操作和合理性角度考虑：

   • 迟到3分钟扣50元，从实际操作来看，可能过于严厉，缺乏合理的比例关系。一般来说，公司对于迟到的处理应当更加人性化，考虑迟到的具体原因、频率以及对公司的影响等因素。
   • 如果公司经常以迟到为由进行高额罚款，可能会引发员工的不满和抵触情绪，不利于公司的长期发展和员工关系的和谐。

法律建议：

• 如果你认为公司的扣除行为不合法或不合理，你可以先与公司进行沟通协商，要求公司说明扣除的依据和合理性。
• 如果沟通无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉举报，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

可能后果：

• 如果公司的扣除行为被认定为不合法，那么公司可能需要补发被扣除的工资，并可能面临劳动监察部门的处罚。
• 同时，这种不合法的扣除行为也可能影响公司的声誉和员工关系，对公司的长期发展产生不利影响。

综上所述，迟到3分钟扣50元工资是否合法，取决于劳动合同或公司规章制度中的规定以及这些规定的合法性和合理性。如果你对此有疑问或认为公司的扣除行为不合法，可以直接向我咨询，我会为你提供更具体的法律建议。