结论：公司能否因员工上班迟到3分钟扣钱，主要取决于公司的规章制度是否合法有效以及该制度的具体内容。在符合法律法规的前提下，公司可以依据合法有效的规章制度对员工进行相应管理，但扣钱行为需合理且公正。
详细分析：
法律依据层面：
- 我国现行法律并未明确赋予用人单位对员工进行罚款的权利。罚款作为行政处罚的一种，其行使主体仅限于具有行政处罚权的行政机关。因此，从法律原则上讲，用人单位直接对员工进行罚款是不被允许的。
规章制度的有效性：
- 合法制定：若公司有明确的规章制度，并且该制度是按照法定程序（如经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并向劳动者公示或告知）制定的，那么该制度具有法律效力，可以对员工产生约束力。
- 内容合理：规章制度中应明确规定迟到的相关处理措施，包括迟到3分钟的扣钱标准等。此标准需合理、公正，不得损害劳动者的合法权益。例如，规定迟到一次扣少量金额，并确保该金额与员工的收入水平相匹配，避免过度惩罚。
- 实际执行：即使规章制度合法有效，公司在执行时也应保持公正和一致，避免对同一行为采取不同的处理标准，引发员工不满和纠纷。
实际操作建议：
- 了解公司规定：作为员工，应首先查阅公司的员工手册或咨询人事部门，以了解公司关于迟到的具体规定，包括扣钱的标准和程序等。
- 沟通协商：如果认为公司的扣钱行为不合理或不合法，员工应先与公司进行沟通协商，要求公司说明扣钱的依据和理由，并尝试达成共识。
- 法律途径维权：若协商不成，员工可以向劳动监察部门投诉，由其对公司的行为进行调查处理；也可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。
举例说明：
假设某公司规章制度中规定，员工迟到每次扣款不超过当月工资的2%，且每月累计扣款不超过当月工资的10%。若某员工月工资为5000元，迟到3分钟被扣款100元（即当月工资的2%），则该扣款行为在规章制度规定的范围内，且未超过法律限制，因此是合法的。但若公司规章制度中未规定扣款标准，或规定扣款金额过高，则可能因违反法律法规或规章制度内容不合理而被认定为不合法。
总结与建议：
公司能否因员工上班迟到3分钟扣钱，关键在于公司的规章制度是否合法有效以及扣钱行为是否合理公正。作为员工，应了解自己的权益和公司规定，并在必要时采取适当的措施维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。