结论是：月薪3000上班迟到5分钟扣20元是否合法，不能一概而论，需要结合公司规章制度、劳动合同以及相关法律法规进行综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、公司规章制度的角度
规章制度需合法且合理：
- 公司有权制定规章制度来管理员工，包括考勤制度。但这些规章制度必须合法、合理，并且不能违反法律法规的强制性规定。
- 如果公司规章制度中明确规定了迟到罚款的数额和方式，并且该规定不违反法律法规，那么公司按照规章制度执行罚款是合法的。但罚款数额应当合理，不能过分高于实际损失或显得不公平。
规章制度需经过民主程序：
- 根据《劳动合同法》的规定，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 如果公司规章制度未经民主程序制定，那么该规章制度可能对员工不产生约束力，公司依据该规章制度进行的罚款也可能被视为不合法。
二、劳动合同的角度
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确约定了迟到罚款的条款，并且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照劳动合同执行罚款是合法的。
- 但同样，罚款数额应当合理，不能过分高于实际损失或显得不公平。
劳动合同未约定：
- 如果劳动合同中没有约定迟到罚款的条款，那么公司单方面对员工进行罚款可能缺乏法律依据。
三、相关法律法规的角度
《劳动法》和《劳动合同法》：
- 这两部法律并未直接规定迟到罚款的问题，但规定了用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。
- 如果公司规章制度或劳动合同中的罚款条款违反了法律法规的强制性规定（如罚款数额过高、罚款方式不合理等），那么该条款可能被视为无效。
地方性法规或规章：
- 某些地区可能出台了地方性法规或规章，对迟到罚款等问题进行了具体规定。如果公司所在地区有此类规定，那么公司应当遵守。
四、具体案例分析
- 假设案例：某公司规章制度规定，员工迟到每次罚款20元，且该规章制度经过了民主程序制定，并与员工签订了劳动合同进行了约定。在这种情况下，公司对迟到5分钟的员工罚款20元是合法的。
- 另一假设案例：某公司规章制度未经过民主程序制定，且劳动合同中未约定迟到罚款条款。在这种情况下，公司对迟到5分钟的员工罚款20元可能缺乏法律依据，被视为不合法。
五、建议
- 对于员工：如果认为公司的罚款行为不合法或不合理，可以与公司进行沟通协商，要求公司撤销罚款或调整罚款数额。如果沟通无果，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 对于公司：在制定规章制度和劳动合同时，应当确保条款合法、合理，并且经过民主程序制定。在执行罚款时，应当确保罚款数额合理、方式公正，避免引发劳动争议。
具体到本案例，月薪3000上班迟到5分钟扣20元是否合法，需要查看公司规章制度是否合法且合理、是否经过了民主程序制定、劳动合同中是否有相关约定以及是否违反了相关法律法规的强制性规定。如果无法确定，建议直接咨询我以获取更具体的法律建议。