结论：公司规定“迟到一分钟扣5块钱，一个月扣几千”的做法，在大多数情况下是不合理的，且可能涉嫌违法。下面我将从合法性、合理性及劳动者维权途径三个角度进行详细分析。
一、合法性分析
一般情况下的不合法性：
- 根据《工资支付暂行规定》及相关法律法规，用人单位通常无权对劳动者进行罚款，除非该罚款与劳动者给用人单位造成的直接经济损失相关联。一般的迟到行为，并未直接给公司造成经济损失，因此以罚款形式扣除工资缺乏法律依据。
- 若公司执行此类规定，可能面临法律风险，如被劳动监察部门责令改正，甚至可能面临劳动争议仲裁或诉讼。
合法情形的构建（虽理论上存在，但实践中极难满足）：
- 为使该规定合法，公司需将其纳入绩效考核体系，并确保绩效考核制度的制定经过合法程序，如职工代表大会讨论、工会协商等，同时向劳动者公示或告知。
- 迟到对工作绩效的影响需有明确界定，且扣除的工资不得超过劳动者当月工资的20%，扣除后工资不得低于当地最低工资标准。然而，在“迟到一分钟扣5块钱”的规定下，很难满足这些条件。
二、合理性考量
处罚严厉度：
- 迟到一分钟扣5块钱，一个月若迟到多次，累计扣除金额可能达到几千元，这种处罚显然过于严厉，不符合行业惯例及员工预期。
- 过重的处罚可能导致员工不满，影响工作积极性和团队氛围，甚至可能引发员工离职或劳动争议。
宽限时间设置：
- 公司应给予员工合理的宽限时间，如几分钟内的迟到不视为迟到或不予处罚，以体现管理的人性化。
- 在“迟到一分钟扣5块钱”的规定下，缺乏这样的宽限时间，显得过于苛刻。
三、劳动者维权途径
与公司协商：
- 劳动者可首先与公司沟通，指出规定的不合理之处，要求纠正并退还已扣除的工资。
- 在协商过程中，劳动者可以引用相关法律法规，增强自己的说服力。
向劳动监察部门投诉：
- 若协商无果，劳动者可向当地劳动监察部门投诉，由其对公司的工资支付情况进行监督检查。
- 劳动监察部门有权责令公司改正违法行为，并可能对公司进行处罚。
申请劳动仲裁：
- 作为最终手段，劳动者可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求返还克扣的工资，并可主张相应的经济补偿。
- 劳动争议仲裁委员会将根据相关法律法规和事实情况，作出公正裁决。
具体建议：若你面临此类情况，我建议你首先与公司进行友好协商，尝试解决问题。若协商无果，你可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。在此过程中，你可以保留相关证据，如工资条、考勤记录等，以支持你的主张。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。