结论：迟到10分钟扣40元是否合理，需结合公司规章制度、劳动合同以及相关法律法规综合判断。以下从不同角度进行分析：
1. 公司规章制度与劳动合同的约定
- 规章制度合法性：根据《劳动合同法》第四条，公司规章制度需经民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会或职工代表协商），并向劳动者公示或告知。若公司规章制度中明确规定了迟到扣款的规则（如“迟到10分钟扣40元”），且该规则符合民主程序和公示要求，则具有法律效力。
- 劳动合同约定：若劳动合同中明确约定了迟到扣款的具体标准（如“每月迟到累计超过3次，每次扣款不超过日工资的20%”），且该约定不违反法律法规强制性规定，则公司可依据合同执行。
2. 扣款金额的合理性
- 日工资计算：假设月工资为10000元，按21.75天计算日工资（月计薪天数），则日工资为：
$\(
\text{日工资} = \frac{10000}{21.75} \approx 459.77 \text{元}
\)$
- 扣款比例：迟到10分钟扣40元，占日工资的比例为：
$\(
\text{扣款比例} = \frac{40}{459.77} \approx 8.7\%
\)$
根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按劳动合同约定要求赔偿，但每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%。若公司以“迟到导致经济损失”为由扣款，需证明实际损失与扣款金额相当，且单次扣款比例（8.7%）未超过日工资的20%（约91.95元），但需注意累计扣款是否超限。
- 地方性规定：部分地区（如上海、江苏）对迟到扣款有更严格限制。例如，上海市规定，迟到扣款不得超过当月工资的20%，且单次扣款不得超过日工资的30%。若当地有类似规定，需优先适用。
3. 合法性边界
- 禁止变相克扣工资：根据《劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或无故拖欠。若公司扣款无合理依据（如未证明迟到导致经济损失），或扣款后工资低于当地最低工资标准，则属于违法行为。
- 程序合法性：公司扣款前需履行告知义务（如通知劳动者扣款原因、金额及依据），并保留相关证据（如考勤记录、规章制度公示证明等）。若未履行程序，劳动者可主张扣款无效。
4. 建议与行动
- 劳动者角度：
- 检查劳动合同和公司规章制度，确认迟到扣款是否有明确约定及是否合法。
- 若认为扣款不合理，可与公司协商要求返还，或向当地劳动监察部门投诉。
- 保留考勤记录、工资条等证据，以备维权使用。
- 公司角度：
- 确保规章制度经民主程序制定并公示，避免因程序瑕疵导致扣款无效。
- 扣款金额需合理，建议与当地劳动部门沟通确认标准，避免法律风险。
总结：迟到10分钟扣40元是否合理，需结合公司规章制度、劳动合同约定及地方性规定综合判断。若公司制度合法、扣款比例合理且程序正当，则可能合法；反之则可能构成违法克扣工资。如有疑问，可直接向我咨询具体细节。