上班迟到一分钟扣五块钱是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下是对此问题的详细分析：
合法的情况
规章制度合法且合理：
- 用人单位有权制定劳动规章制度，包括迟到处理办法。若这些规章制度经过了职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，且内容不违反法律法规的强制性规定，同时已向劳动者公示或告知，那么规章制度就是合法的。
- 在此情况下，如果规章制度中明确规定了迟到一分钟扣五块钱，且该罚款数额合理，未对劳动者造成不合理的经济负担，那么这种罚款可能是合法的。
劳动合同有约定：
- 如果用人单位与劳动者在劳动合同中明确约定了迟到的相关处理方式，包括罚款数额，并且该约定经过了劳动者的同意，同时不违反法律法规的强制性规定和公平合理原则，那么这种约定也可能为罚款的合法性提供依据。
不合法的情况
规章制度不合法：
- 如果规章制度未经过民主程序制定，或内容违反法律法规的强制性规定，或未向劳动者公示或告知，导致劳动者对罚款规定不知情，那么这种规章制度就是不合法的，基于此的罚款也是不合法的。
罚款数额不合理：
- 罚款数额应与劳动者的迟到行为相适应。如果一分钟扣五块钱的罚款数额过高，对劳动者的经济利益造成了不合理的损害，或者罚款数额与劳动者的迟到行为不相适应，显失公平，那么这种罚款可能是不合法的。
用人单位无罚款权利：
- 用人单位不具有行政处罚权，因此不能对劳动者进行罚款作为行政处罚。如果罚款成为主要的管理手段，替代了正常的批评教育、警告等措施，那么这种罚款也是不合法的。
特殊情况与劳动者权益保护
- 如果劳动者无正当理由迟到，且因迟到给用人单位造成了经济损失，用人单位可以按照劳动合同的约定要求劳动者赔偿经济损失。但赔偿应从劳动者的工资中合理扣除，且每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，并确保扣除后的剩余工资不低于当地月最低工资标准。
- 如果劳动者认为用人单位的迟到罚款行为不合法，可以与用人单位进行协商。协商不成时，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
建议：
- 用人单位在制定和执行罚款规定时，应确保规章制度的合法性、合理性和公平性，同时尊重劳动者的合法权益。
- 劳动者在面对不合理的罚款时，应勇敢维护自己的权益，通过合法途径解决问题。
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