结论：上班迟到1分钟一次扣50元，两次扣100元，这样的做法是否合法，需结合具体情况判断，一般情况下，若该扣款规定缺乏合理依据或未经过民主程序制定并公示，则可能不合法。以下从不同角度进行分析：
一、从规章制度合法性的角度
规章制度需合法合理：
- 根据《劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 规章制度必须内容合法、程序正当，且不得违反法律法规的强制性规定。如果用人单位的规章制度中规定了迟到扣款的条款，但该条款未经民主程序制定或未公示告知劳动者，或者扣款金额明显不合理，那么该条款可能被认定为无效。
扣款需有合理依据：
- 迟到扣款应当基于合理的理由和依据，如迟到对用人单位造成的实际损失等。如果扣款金额过高，超出了迟到行为对用人单位造成的实际损失范围，那么该扣款可能被视为对劳动者权益的侵害。
二、从扣款金额合理性的角度
扣款金额应合理：
- 迟到扣款的具体金额应当合理，不能过高。一般来说，扣款金额应当与迟到行为对用人单位造成的损失相当。如果迟到1分钟就扣50元，这样的扣款金额可能过高，缺乏合理性。
参考地方规定：
- 不同地区可能对迟到扣款有具体的规定或限制。例如，有些地方可能规定迟到扣款不得超过劳动者日工资的某一比例。因此，在判断迟到扣款是否合法时，还需要参考当地的具体规定。
三、从实际操作建议的角度
与用人单位协商：
- 如果劳动者认为迟到扣款不合理，可以与用人单位进行协商，寻求合理的解决方案。
申请劳动仲裁：
- 如果协商无果，劳动者可以向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。在申请劳动仲裁时，劳动者需要提供相关证据，如工资单、考勤记录、规章制度等，以证明自己的主张。
举例说明：假设某用人单位规定迟到1分钟扣50元，但该规定未经民主程序制定且未公示告知劳动者，同时扣款金额明显高于迟到行为对用人单位造成的实际损失。在这种情况下，该扣款规定可能被认定为无效，劳动者有权要求用人单位返还被扣的款项。
后续行动建议：如果你遇到了类似的情况，建议先查看用人单位的规章制度，了解迟到扣款的具体规定和程序。如果认为扣款不合理或规章制度存在问题，可以与用人单位进行协商或向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁。有问题可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。