结论：上班迟到30分钟扣100元是否合法，需结合公司规章制度、劳动合同以及相关法律法规综合判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 公司规章制度与劳动合同的约定

• 合法性前提：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、劳动纪律等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。规章制度应当公示或者告知劳动者。
• 具体分析：若公司规章制度中明确规定了迟到扣款的金额和条件，且该制度已经民主程序制定并公示或告知劳动者，同时劳动合同中也有相关约定，则迟到扣款可能合法。但扣款金额需合理，不能违反法律法规的强制性规定。

2. 扣款金额的合理性

• 法律依据：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
• 具体分析：迟到30分钟扣100元，是否合法需看劳动者的月工资水平。若劳动者月工资较高，扣除100元后仍不低于当地最低工资标准，且扣除比例未超过月工资的20%，则可能合法。但若劳动者月工资较低，扣除100元后低于最低工资标准，或扣除比例超过月工资的20%，则不合法。

3. 地方性法规与规章

• 具体分析：部分地方性法规或规章可能对迟到扣款有更具体的规定。例如，某些地区可能规定迟到扣款不得超过一定金额或比例。因此，在判断迟到扣款是否合法时，还需考虑当地的具体规定。

4. 建议与操作

• 劳动者角度：若认为公司迟到扣款不合法，可首先与公司协商，要求公司出示相关规章制度和劳动合同条款，并核对扣款金额是否合理。若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
• 用人单位角度：建议公司在制定规章制度时，明确迟到扣款的金额和条件，并确保制度经过民主程序制定并公示或告知劳动者。同时，扣款金额需合理，不得违反法律法规的强制性规定。

示例：假设劳动者月工资为5000元，当地最低工资标准为2000元。若公司规定迟到30分钟扣100元，则扣除比例为2%（100/5000），未超过月工资的20%，且扣除后工资仍高于最低工资标准，因此可能合法。但若劳动者月工资为2500元，扣除100元后工资为2400元，虽仍高于最低工资标准，但若公司规章制度或劳动合同中未明确规定迟到扣款，或扣除比例虽未超标但未经民主程序制定并公示，则可能不合法。

总结：上班迟到30分钟扣100元是否合法，需结合公司规章制度、劳动合同、扣款金额的合理性以及地方性法规与规章综合判断。若您对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。