迟到几分钟扣工资是否合法，主要取决于用人单位规章制度的合法性、扣减额度的合理性以及是否存在变相克扣工资的行为。以下是对此问题的详细分析：

合法情形

1. 有合法有效的规章制度：

   • 用人单位必须制定合法且经过民主程序（如职工代表大会讨论通过）的规章制度，该规章制度应明确规定了迟到的具体处罚措施，包括迟到几分钟扣工资的内容，并向劳动者进行公示，确保劳动者知晓并理解相关规定。例如，某公司制定了《员工考勤管理制度》，明确规定员工迟到1-10分钟扣发当月工资的1%，并已向全体员工公示，此做法通常合法。

2. 扣减额度合理：

   • 扣减的工资数额应与劳动者迟到给用人单位造成的实际损失相当，且扣减额度应符合《工资支付暂行规定》中关于扣除比例和最低工资标准的限制，即每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。合理扣减应基于公平原则，避免对劳动者造成过大经济负担。

不合法情形

1. 缺乏规章制度依据：

   • 若用人单位没有制定相关规章制度，或规章制度未经合法程序制定、未公示，则扣工资行为不合法。例如，公司无任何书面制度规定迟到扣工资，却以员工迟到为由扣发工资，此行为不合法。

2. 扣减额度过高：

   • 若用人单位规定的迟到扣工资标准过高，严重损害劳动者合法权益，该规定不合法。如公司规定迟到1分钟扣当天工资的50%，这显然不合理且不合法，因迟到1分钟造成的损失远不及此。

3. 变相克扣工资：

   • 用人单位不得以迟到扣工资为名，行变相克扣工资之实。故意设置严苛考勤标准，频繁以迟到为由扣工资，以降低员工实际收入，违反《劳动法》等相关法律法规。

特殊情况处理

• 若员工因不可抗力等合理原因导致迟到，企业应考虑实际情况，避免盲目扣工资。
• 对于无故迟到的情况，企业在合理范围内扣工资是合法的。

维权途径

若劳动者认为用人单位迟到扣工资的行为不合法，可采取以下措施维护自身权益：

• 协商解决：首先尝试与用人单位进行沟通协商，寻求合理解决方案。
• 投诉举报：若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉举报用人单位的违法行为。
• 劳动仲裁：如投诉未能解决问题，劳动者可申请劳动仲裁，通过法律途径维护自身合法权益。

总结：迟到几分钟扣工资是否合法需综合考虑多个因素。劳动者应了解相关法律法规和用人单位的规章制度，以确保自身权益不受侵害。同时，用人单位也应遵循法律法规，制定合理合法的规章制度，保障劳动者的合法权益。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。