公司迟到一分钟扣50元是否合法，需分情况讨论：

一、合法情况

1. 存在合法有效的规章制度：

   • 制定程序合法：公司需通过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商，确定涉及劳动者切身利益的规章制度，如考勤制度。
   • 内容合理：规章制度中规定的迟到处罚标准（如迟到一次扣50元）需在合理范围内，与员工给企业造成的经济损失或影响程度相匹配，并考虑员工的工资水平。若员工月工资较高，扣除50元作为惩戒，通常被认为是合理的。
   • 公示与告知：公司应将规章制度进行公示或告知劳动者，如通过公司公告栏张贴、内部办公系统发布、组织员工培训学习并签字确认等方式。

2. 员工同意：

   • 如果员工在签订劳动合同时已明确知晓并同意相关规章制度，包括迟到的处罚标准，那么公司按照规章制度执行扣款行为，通常不被视为违反劳动法。

二、不合法情况

1. 无相关规章制度或未履行合法程序：

   • 如果公司没有制定关于迟到扣款的规章制度，或者虽有制度但未经过合法的制定和公示程序，那么随意以迟到为由扣员工50元工资就是违法的。

2. 规章制度不合理：

   • 即使有公司合法制定和公示的规章制度，但如果迟到扣50元的标准明显过高，对员工造成了不合理的经济负担，也可能被认定为违反劳动法。例如，对于低薪员工而言，高额的扣款可能构成不合理的经济压力。

3. 违反最低工资标准：

   • 如果因多次迟到导致扣除的工资数额较大，使得员工当月实际领取的工资低于当地最低工资标准，那么这种扣除行为也是违法的。公司支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。

三、法律建议

• 公司角度：在制定考勤制度时，应确保程序的合法性、内容的合理性以及充分的公示与告知。同时，扣款标准应合理，避免对员工造成不合理的经济负担。
• 员工角度：如果认为公司的迟到扣款行为侵犯了自己的合法权益，可以采取以下措施维护自己的权益：
  • 协商解决：首先尝试与公司进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
  • 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理。
  • 申请劳动仲裁：如果投诉未能解决问题，还可以依法申请劳动仲裁，通过法律途径来维护自己的合法权益。

总结：公司迟到一分钟扣50元是否合法，取决于公司是否有合法有效的规章制度、员工是否同意以及扣款行为是否合理等因素。在遇到相关问题时，公司和员工都应了解自己的权益和义务，并采取适当的措施进行维权或管理。如果有任何法律问题，可以直接向我咨询。