结论：公司规章制度规定迟到1分钟扣50元是否合法，需根据具体情况判断。若该制度未经民主程序制定、未公示或扣减工资不合理，则通常不合法；反之，若满足一定条件，则可能合法。
一、不合法的情况
无合法有效的规章制度：
- 如果公司没有制定关于迟到扣款的规章制度，或者虽有制度但未经过合法的制定程序（如未经职工代表大会或全体职工讨论，未与工会或职工代表平等协商确定），那么这种扣款行为就是违法的。
- 示例：某公司未制定任何考勤制度，却突然以迟到为由扣员工工资，这种行为显然不合法。
规章制度未公示或告知员工：
- 即使公司制定了关于迟到扣款的规章制度，但如果未将该制度进行公示或告知员工，员工对此并不知情，那么这种扣款行为也是违法的。
- 示例：公司制定了考勤制度，但仅将其存放在档案室，未在公司公告栏张贴或通过内部办公系统发布，员工对此一无所知，此时扣款即违法。
扣款金额不合理：
- 根据《工资支付暂行规定》，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但扣除的工资部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。若公司扣款金额超过这一范围，则不合法。
- 示例：员工月工资为3000元，公司因其迟到一次扣款500元，这明显超过了当月工资的20%，因此不合法。
二、合法的情况
存在合法有效的规章制度：
- 公司制定了关于迟到扣款的规章制度，且该制度的制定经过了民主程序（如职工代表大会讨论通过），并已向全体员工公开公示。
- 示例：公司通过职工代表大会讨论通过了考勤制度，明确规定迟到一次扣款50元，并在公司公告栏张贴公示，员工对此均已知情。
扣款金额合理：
- 公司能证明员工迟到确实给其造成了经济损失，并且扣减的工资数额在合理范围内（即未超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不低于当地月最低工资标准）。
- 示例：员工月工资为5000元，公司因其迟到导致重要会议延误，造成了一定经济损失，扣款50元作为惩戒，且扣除后剩余工资仍高于当地最低工资标准，此时扣款即合法。
三、劳动者权益保护
若劳动者认为公司的迟到扣款行为侵犯了自己的合法权益，可以采取以下措施维护自己的权益：
- 协商解决：首先尝试与公司进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
- 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理。
- 申请劳动仲裁：如果投诉未能解决问题，劳动者还可以依法申请劳动仲裁，通过法律途径来维护自己的合法权益。
总结：公司规章制度规定迟到1分钟扣50元是否合法，需根据具体情况判断。作为劳动者，在遇到此类问题时，应了解自己的权益，并采取适当的措施进行维权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。