结论：上班迟到1分钟一次扣50元，迟到两次扣100元，这样的规定是否合法，需要分情况讨论，一般情况下，若该规定未经过民主程序制定、未公示或未告知劳动者，或者扣款后工资低于当地最低工资标准，则不合法；若规定合法且合理，且扣款后工资不低于最低工资标准，则可能是合法的，但实践中这种情况较为少见。以下为详细分析：
一、从规章制度合法性的角度分析
规章制度需经过民主程序制定：
- 根据《劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 如果公司关于迟到扣款的规章制度没有经过这样的民主程序制定，那么该规章制度在法律上可能被视为无效。
规章制度需公示或告知劳动者：
- 同样根据《劳动合同法》第四条，用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
- 如果公司没有将迟到扣款的规章制度公示或告知劳动者，劳动者有权主张该规章制度对其不产生约束力。
二、从扣款合理性的角度分析
扣款后工资不得低于最低工资标准：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 如果公司因为迟到1分钟就扣50元，迟到两次扣100元，导致劳动者当月工资扣除后低于当地最低工资标准，那么这种扣款方式显然是不合法的。
扣款需合理且符合行业惯例：
- 即使公司的规章制度经过了民主程序制定并公示或告知了劳动者，且扣款后工资不低于最低工资标准，但如果扣款金额过高，明显不合理或不符合行业惯例，也可能被视为违法。
- 迟到1分钟就扣50元，这样的扣款标准在大多数行业中可能被视为过高，因此可能被视为不合法。
三、实践中的常见情况
- 在实践中，很多公司对于迟到等轻微违纪行为，会采取更为温和的处理方式，如口头警告、书面警告或扣除少量奖金等，而不是直接扣款。
- 直接扣款的方式往往容易引发劳动者的不满和争议，甚至可能导致劳动纠纷。
四、建议
- 对于劳动者：如果公司存在不合理的扣款行为，劳动者可以先与公司协商解决；如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 对于公司：建议公司在制定规章制度时，遵循合法、合理、公正的原则，确保规章制度既符合法律法规的要求，又能得到劳动者的认可和遵守。
总结来说，上班迟到1分钟一次扣50元，迟到两次扣100元，这样的规定是否合法，取决于多个因素，包括规章制度的制定程序、公示或告知情况、扣款后工资是否低于最低工资标准以及扣款是否合理等。如果公司存在不合理的扣款行为，劳动者有权维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。