结论：上班迟到一次扣50元是否合法，需根据具体情况判断。若公司制度未经民主程序制定或扣减工资不合理，则通常不合法；反之，若满足一定条件，则可能合法。以下是对此问题的详细分析：

一、不合法的情况

1. 无相关规章制度或未履行合法程序：

   • 如果公司没有制定关于迟到扣款的规章制度，或者虽有制度但未经过合法的制定和公示程序（如未经职工代表大会讨论、未向员工公示等），那么公司随意以迟到为由扣员工50元工资就是违法的。

2. 规章制度不合理：

   • 即使公司有合法制定和公示的规章制度，但如果迟到扣50元的标准明显过高，对员工造成了不合理的经济负担，也可能被认定为违反劳动法。例如，对于低薪员工而言，高额的扣款可能构成不合理的经济压力，此时扣款行为可能被视为不合法。

3. 违反最低工资标准：

   • 如果因多次迟到导致扣除的工资数额较大，使得员工当月实际领取的工资低于当地最低工资标准，那么这种扣除行为也是违法的。根据《工资支付暂行规定》，用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。

二、合法的情况

1. 存在合法有效的规章制度：

   • 公司已依法制定规章制度，并明确规定迟到扣除工资的标准（如迟到一次扣50元）。
   • 规章制度的制定经过了民主程序，如职工代表大会讨论通过，并已向全体员工公开公示。
   • 扣款行为符合规章制度的规定，且扣款金额合理，未超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不低于当地月最低工资标准。

2. 员工同意：

   • 如果员工在签订劳动合同时已明确知晓并同意相关规章制度，包括迟到的处罚标准，那么公司按照规章制度执行扣款行为，通常不被视为违反劳动法。

三、劳动者权益保护

如果劳动者认为公司的迟到扣款行为侵犯了自己的合法权益，可以采取以下措施维护自己的权益：

• 协商解决：首先尝试与公司进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
• 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理。
• 申请劳动仲裁：如果投诉未能解决问题，劳动者还可以依法申请劳动仲裁，通过法律途径来维护自己的合法权益。

建议：作为劳动者，在面对公司迟到扣款的情况时，应首先了解公司的规章制度和扣款标准是否合法合理。如果认为公司的扣款行为侵犯了自己的权益，可以积极与公司协商或寻求法律援助。同时，公司也应确保规章制度的合法性、合理性和透明性，避免随意扣款引发劳动争议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。