结论：公司制度规定员工迟到一次扣50元，其合法性需根据具体情况判断。若该制度未经民主程序制定、未公示或扣减工资不合理，则通常不合法；反之，若满足一定条件，则可能合法。以下从多个角度进行分析：

一、一般情况下的不合法性

1. 罚款权力的归属：

   • 在我国，罚款属于行政处罚权，其实施主体一般为行政机关，企业并不具备法律赋予的罚款权力。因此，企业直接以罚款形式对迟到员工进行经济处罚，缺乏明确的法律依据支持。

2. 劳动法律法规的规定：

   • 《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》等劳动相关法律法规，并未明确赋予用人单位对员工进行罚款的权利。这意味着，用人单位不能随意以罚款作为对员工迟到的惩罚措施。

二、特殊情况下的合法性

然而，在特定条件下，公司关于迟到扣工资的制度可能被认定为合法，这主要取决于以下两个因素：

1. 民主程序制定并公示：

   • 用人单位在制定涉及劳动报酬、工作时间、休息休假等直接涉及劳动者切身利益的规章制度时，应当经过职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定，并将该规章制度进行公示或者告知劳动者。
   • 若公司关于迟到扣工资的制度是通过上述民主程序制定且已向员工公示，那么在程序上是合法的。

2. 扣减工资合理性：

   • 根据《工资支付暂行规定》，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但扣除的工资部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
   • 若公司能证明员工迟到确实给其造成了经济损失，并且扣减的工资数额在上述合理范围内，那么这种“罚款”行为有可能被认定为合法。例如，员工月工资为5000元，扣除50元作为迟到罚款，未超过当月工资的20%，且扣除后剩余工资仍高于当地最低工资标准，则这种扣款行为可能是合法的。

三、劳动者权益保护

若劳动者认为用人单位的罚款行为侵犯了其合法权益，可以采取以下措施维护自身权益：

• 协商解决：首先尝试与用人单位进行协商，寻求合理的解决方案。
• 投诉举报：若协商不成，可以向当地的劳动监察部门投诉举报，请求其介入调查并处理。
• 申请仲裁：若投诉举报未能解决问题，劳动者还可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。

四、实践建议

• 用人单位：应确保规章制度的合法性、合理性和透明性，避免随意扣款引发劳动争议。在制定规章制度时，应遵循民主程序，并确保规章制度的内容合理且已向员工公示。
• 劳动者：在面临不合理扣款时，应与用人单位协商解决；协商不成时，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自身权益。同时，劳动者也应了解自己的权益和义务，遵守公司的规章制度，避免不必要的纠纷。

综上所述，公司制度规定员工迟到一次罚款50元的合法性并非绝对，而是需根据具体情况进行判断。用人单位在制定相关规章制度时，应确保符合法律法规的要求，并充分保障劳动者的合法权益。劳动者在遇到相关问题时应了解自己的权益，并采取适当的措施进行维权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。