结论：上班迟到30分钟扣100元是否合法，不能一概而论，需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：

1. 公司规章制度合法性

• 合法情形：若公司规章制度明确规定“迟到30分钟以上扣100元”，且该制度经过民主程序制定（如职工代表大会讨论、公示等）、内容合法（不违反法律法规强制性规定）、已向员工告知（如培训、签字确认），则该制度对员工具有约束力，公司可据此扣款。
• 违法情形：若规章制度未经过民主程序、未公示或告知员工，或扣款标准明显不合理（如远超实际损失），则可能被认定为违法，员工可主张返还扣款。

2. 扣款金额合理性

• 法律依据：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因员工原因给公司造成经济损失的，公司可按劳动合同约定要求赔偿，但每月扣除部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后工资不得低于当地最低工资标准。
• 计算示例：
  假设员工月工资为5000元，当地最低工资标准为2000元：
  
  • 合法扣款上限：5000元 × 20% = 1000元
    
  • 扣除后工资下限：5000元 - 1000元 = 4000元（仍高于最低工资标准）
    若公司扣100元，未超过上述限制，但需结合规章制度是否合法综合判断。

3. 地方性规定

• 部分地区对迟到扣款有更严格限制。例如，某些地方规定“迟到扣款不得超过当日工资的30%”或“单次扣款不得超过50元”。若公司扣款违反地方规定，则属违法。

4. 员工应对建议

• 核查制度：要求公司出示规章制度及民主程序、公示证明。
• 计算扣款比例：核对扣款是否超过月工资20%或地方规定上限。
• 协商或投诉：若公司违法扣款，可先协商解决；协商不成可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

5. 公司合规建议

• 制定规章制度时，确保经过民主程序、公示并告知员工。
• 扣款标准应合理，建议与实际损失（如误工费、订单损失等）挂钩。
• 避免单次扣款过高，可采取“迟到一次扣一定比例工资+累计处罚”等方式。

总结：迟到扣款是否合法需结合规章制度合法性、扣款金额合理性及地方规定综合判断。若您遇到类似问题，可提供更多细节（如公司制度内容、工资水平等），我会进一步为您分析。