公司规章制度迟到扣一百元是否违法，需视具体情况而定。以下是对此问题的详细分析：
合法性分析：
- 根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，应当经过职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定，并将规章制度进行公示或告知劳动者。如果公司的规章制度中关于迟到扣一百元的规定是经过上述合法程序制定的，并且已经向员工公示或告知，那么该规定在程序上是合法的。
- 同时，罚款行为本身不能违反法律的强制性规定。例如，罚款后劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。如果因迟到一次扣一百元导致劳动者当月工资低于当地最低工资标准，那么这种罚款行为就是违法的。
合理性分析：
- 合理性主要考察罚款是否与员工的实际损失或公司的实际利益相关联，以及罚款金额是否适中。如果公司能够证明员工迟到给公司造成了经济损失（如影响生产进度、订单交付等），并且扣除的一百元在合理弥补损失的范围内，那么这种罚款可以认为是合理的。
- 另外，罚款金额也需要与公司的薪酬结构和整体待遇相匹配。如果公司整体薪酬水平较高，员工对迟到扣款规定有充分了解并接受，且公司在其他方面给予员工较好的福利待遇，那么迟到一次扣一百元可能被视为合理。反之，如果公司薪酬水平较低，迟到扣款占员工收入比例较大，那么这种罚款规定可能显得不合理。
劳动者权益保护：
- 劳动者如果认为公司的罚款行为不合理或不合法，首先可以与公司进行沟通协商，表达自己的意见和诉求。
- 如果协商不成，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
综上所述，公司规章制度迟到扣一百元是否违法，需要根据规章制度的制定程序、罚款的合理性以及劳动者的权益保护等多个方面进行综合判断。如果劳动者对此有疑问或认为自己的权益受到侵害，建议及时与公司沟通或寻求法律途径解决。