结论前置：公司规章制度规定迟到扣款，其合法性取决于多个因素，包括规章制度的制定程序、内容合法性、公示情况以及扣款的具体金额和方式等。在合法合规且合理的前提下，公司对迟到员工进行一定形式的经济惩处是可能被认定为合法的。
合法情况分析
规章制度明确且合法制定：
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。
- 解析：如果公司的规章制度中明确规定了迟到扣款的标准，并且该规章制度的制定经过了民主程序，如职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定，且已向劳动者公示或告知，那么该规章制度是合法的，公司可以依据其对迟到员工进行扣款。
扣款金额合理：
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。同时，若因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按劳动合同约定要求劳动者赔偿，但扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
- 解析：公司扣款的金额应当合理，不能过高，要与员工的迟到情节、给公司造成的损失等因素相适应。如果扣款金额过高，导致劳动者工资明显不合理减少，甚至低于当地最低工资标准，或扣除比例显失公平，则公司的扣款行为可能违反法律。
不合法情况分析
缺乏规章制度或未公示：
- 解析：如果公司未依法制定关于迟到扣款的规章制度，或制定了但未进行公开公示并告知员工，则对迟到员工的扣款行为可能不合法。员工有权拒绝执行未公示或未告知的规章制度。
扣款金额不合理或违反最低工资标准：
- 解析：如前所述，如果扣款金额过高，导致劳动者工资明显不合理减少，甚至低于当地最低工资标准，或扣除比例显失公平，则公司的扣款行为可能违反法律。员工有权要求公司补发被不合理扣减的工资。
特殊情况下的迟到：
- 解析：如果员工因不可抗力等合理原因导致迟到，如自然灾害、交通堵塞等，公司仍扣工资则不合理。在这种情况下，公司应考虑实际情况予以豁免或减轻处罚。
建议与注意事项
公司应确保规章制度的合法性和合理性：公司在制定和执行相关规章制度时，应确保内容合法、合理，并已进行公开公示告知员工。这有助于维护劳动者的合法权益和企业的正常管理秩序。
员工应了解自己的权益和义务：员工应仔细阅读公司的规章制度，了解自己的权益和义务。如果认为公司的迟到扣款规定不合理或存在违法情况，员工可以通过协商、申请调解、仲裁或提起诉讼等方式维护自己的合法权益。
在处理劳动争议时，应参考相关法律法规：在处理迟到扣款等劳动争议时，除《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》外，还需参考《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》等相关法律法规，以确保争议得到妥善解决。
如果您对公司规章制度规定迟到扣款的具体情况有疑问，或者遇到了相关劳动争议，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。