结论：公司不打卡本身不违法，但迟到扣款是否合法需分情况讨论，主要取决于公司规章制度是否合法合理以及是否履行民主程序和公示告知义务。
公司是否要求员工打卡，属于公司自主管理权的范畴。法律并未强制要求公司必须采取打卡方式记录考勤，公司可以根据自身情况选择其他合理的考勤管理方式，如手工签到、电子考勤系统、工作成果考核等。因此，公司不打卡本身并不违法。
然而，如果公司选择不打卡，但通过其他方式（如要求员工每日提交工作报告、定期汇报工作进度等）来间接管理考勤，且这些方式不违反法律法规和公序良俗，也是被允许的。关键在于，公司的管理方式应当公平、合理，且不得侵犯员工的合法权益。
迟到扣款是否合法，需从以下几个方面进行考量：
公司规章制度是否合法合理：公司有权根据自身情况制定规章制度，包括考勤制度和奖惩制度。但这些制度必须合法合理，不得违反法律法规的强制性规定，也不得显失公平。例如，扣款金额不得过高，不得超过员工当月工资的20%（根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%），且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
是否履行民主程序：根据《劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。因此，公司若要对迟到进行扣款，其相关规章制度必须履行民主程序。
是否公示告知：公司还应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。这是确保劳动者知晓并遵守公司规章制度的重要环节。若公司未将迟到扣款的规章制度公示或告知劳动者，则该制度对劳动者不产生法律效力。
建议：
对于公司而言，若要对迟到进行扣款，应确保相关规章制度合法合理、履行民主程序并公示告知劳动者。同时，扣款金额应适中，不得违反法律法规的强制性规定。
对于员工而言，若对公司迟到扣款的规章制度有异议，可以与公司进行沟通协商。若协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。