企业的迟到扣款条例是否合理，需根据具体情况和相关法律法规进行综合判断。以下是对此问题的详细分析：
合法情况
规章制度明确且合法：
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动纪律等直接涉及劳动者切身利益的规章制度时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定，并应进行公开公示告知员工。
- 解析：若企业制定的迟到扣款条例符合上述民主程序，内容合理且不违反法律法规的强制性规定，并已向员工公示，则该条例可能具有合法性。例如，条例规定每月迟到累计达一定次数后，每次扣除相应金额且扣除比例合理，员工知晓该规定后迟到，企业依此扣款，通常被认可。
经济损失赔偿：
- 法律依据：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 解析：若员工迟到导致企业遭受经济损失，且企业能证明该损失与员工迟到有直接因果关系，同时扣款金额符合上述法定标准，则扣款行为可能合法。
不合法情况
缺乏规章制度或未公示：
- 法律依据：同样依据《中华人民共和国劳动合同法》第四条。
- 解析：若企业未依法制定关于迟到扣款的规章制度，或制定了但未进行公开公示并告知员工，则对迟到员工的扣款行为可能不合法。
扣罚金额不合理：
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。同时，结合《工资支付暂行规定》第十六条，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。
- 解析：若扣罚金额过高，导致劳动者工资明显不合理减少，甚至低于当地最低工资标准，或扣除比例显失公平，则企业的扣款行为可能违反法律。
特殊情况下的迟到：
- 解析：若员工因不可抗力（如自然灾害、交通事故等）或企业原因（如安排不当、设备故障等）导致迟到，企业仍扣工资则不合理，应考虑实际情况予以豁免或减轻处罚。
其他注意事项
- 劳动者权益保护：劳动者认为企业的迟到扣工资规定不合理或存在违法情况时，可通过协商、申请调解、仲裁或提起诉讼等方式维护自己的合法权益。
- 法律法规的适用：处理迟到扣工资等劳动争议时，除《中华人民共和国劳动法》外，还需参考《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》等相关法律法规，以确保争议得到妥善解决。
建议：企业在制定和执行迟到扣款条例时，应确保内容合法、合理，并已进行公开公示告知员工。同时，员工在面对不合理的扣款行为时，应积极维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。