迟到早退扣款是否合法，关键在于用人单位的规章制度、扣罚程序及扣罚标准的合理性。以下是对这一问题的详细分析：
合法的条件
规章制度明确且合理：
- 用人单位应依法制定内部规章制度，明确规定迟到早退的扣薪标准。这些规章制度需经过民主程序制定，如职工代表大会或全体员工讨论通过，并已向员工公示告知。
- 扣薪标准应公平合理，不能明显侵害劳动者权益。通常，扣薪标准应考虑企业实际情况、行业惯例及迟到早退对工作的影响程度。例如，扣薪额度不应超出员工当天工资的合理比例，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
劳动合同有约定：
- 若劳动合同中明确约定了迟到早退属于违反合同约定的行为，并规定了相应的扣薪条款，该条款也需公平合理，且与规章制度相一致。
- 劳动合同中的扣薪约定不能违反法律法规的强制性规定，如不得克扣或无故拖欠劳动者工资。
扣罚合理：
- 扣工资的额度应当合理，确保扣罚金额与员工的过错相适应。例如，对于偶尔的迟到早退，扣罚金额应相对较低；对于频繁的迟到早退，扣罚金额可适当提高，但仍需保持合理性。
- 扣除的金额一般不应超出劳动者当月应得薪酬的一定比例（具体比例需根据企业实际情况和行业惯例确定），且扣除后的剩余工资不能低于当地最低工资标准。
不合法的情形
无规章制度或程序不合法：
- 用人单位没有相关规章制度，或规章制度的制定程序不合法（如未经过民主程序、未公示告知），则直接扣工资的行为不合法。
扣罚标准过高或不合理：
- 如果扣罚标准过高，导致员工工资大幅减少，甚至影响其基本生活，这种扣工资行为也可能被认定为不合法。
- 扣罚标准应与实际情况相符，不能明显偏高或偏低。例如，对于轻微的迟到早退，扣罚金额不应过高；对于严重的迟到早退行为，扣罚金额也应保持在合理范围内。
员工权益保护
面对不合法的扣工资行为，员工可以采取以下措施维护自己的合法权益：
与用人单位协商解决：首先尝试与用人单位沟通，表达异议和诉求，寻求双方都能接受的解决方案。
向劳动监察部门投诉：若协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理。劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行查处，并要求用人单位改正。
申请劳动仲裁或提起诉讼：在必要时，员工可以申请劳动仲裁或向法院提起诉讼，通过法律手段来维护自己的权益。劳动仲裁机构或法院将根据事实和法律规定，对纠纷进行裁决或判决。
总结来说，迟到早退扣款是否合法取决于用人单位的规章制度、扣罚程序及扣罚标准的合理性。用人单位应确保规章制度的合法性、合理性和透明性；员工也应了解自己的权益和维权途径，并在必要时依法维护自己的合法权益。如果您在劳动纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。