迟到早退扣已发工资是否合法，关键在于用人单位的规章制度、扣罚程序及扣罚标准的合理性。以下是对此问题的详细分析：
合法的条件
规章制度明确且合理：
- 用人单位应依法制定内部规章制度，明确规定迟到早退的扣薪标准。这些规章制度需经过民主程序制定，如职工代表大会或全体员工讨论通过，并已向员工公示告知。
- 扣薪标准应公平合理，不能明显侵害劳动者权益。例如，扣薪的额度应当合理，确保扣罚金额与员工的过错相适应，扣除的金额一般不应超出劳动者当月应得薪酬的一定比例（具体比例需根据企业实际情况和行业惯例确定，但通常不应过高），且扣除后的剩余工资不能低于当地最低工资标准。
劳动合同有约定：
- 若劳动合同中明确约定了迟到早退属于违反合同约定的行为，并规定了相应的扣薪条款，该条款也需公平合理，且与规章制度相一致。
- 劳动合同中的扣薪约定不能违反法律法规的强制性规定，否则该条款可能无效。
扣罚程序合法：
- 用人单位在扣罚工资时，应确保扣罚程序合法，如按照规章制度规定的程序进行扣罚，并保留相关证据。
不合法的情形
无规章制度或程序不合法：
- 用人单位没有相关规章制度，或规章制度的制定程序不合法（如未经过民主程序、未公示告知），则直接扣工资的行为不合法。
扣罚标准过高或不合理：
- 如果扣罚标准过高，导致员工工资大幅减少，甚至影响其基本生活，这种扣工资行为也可能被认定为不合法。
- 扣罚标准应与实际情况相符，不能明显偏高或偏低，否则可能被视为对员工权益的侵害。
员工权益保护
面对不合法的扣工资行为，员工可以采取以下措施维护自己的合法权益：
与用人单位协商解决：
- 员工可以首先尝试与用人单位沟通，表达异议和诉求，寻求双方都能接受的解决方案。
向劳动监察部门投诉：
- 若协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理。劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行查处，并要求用人单位改正。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 在必要时，员工可以申请劳动仲裁或向法院提起诉讼，通过法律手段来维护自己的权益。劳动仲裁机构或法院将根据事实和法律规定，对纠纷进行裁决或判决。
总结来看，迟到早退扣已发工资是否合法，取决于用人单位的规章制度、扣罚程序及扣罚标准的合理性。如果用人单位的规章制度明确、程序合法、扣罚合理，且劳动合同中有相应约定，那么扣工资行为可能是合法的。反之，如果用人单位没有相关规章制度、程序不合法或扣罚标准过高或不合理，那么扣工资行为可能是不合法的。员工在面对不合法的扣工资行为时，应积极维护自己的合法权益。如果你在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。