结论前置：公司因员工迟到扣钱是否合法，需根据具体情况判断，关键在于公司规章制度的制定和执行是否符合法律规定，以及扣罚措施是否合理。以下是对此问题的详细分析：

合法情况

1. 规章制度明确且合法：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，公司应依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者权益。规章制度在制定时需经过民主程序，如职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。同时，规章制度需向劳动者公示或告知。
   • 解析：若公司规章制度中明确规定了迟到的扣钱标准，且该制度经过民主程序制定并公示，那么公司依据此制度对迟到员工进行扣钱，是合法的。

2. 劳动合同有约定：

   • 解析：若劳动合同中明确约定了迟到扣钱的标准，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么公司按照约定扣钱也是合法的。

3. 扣除金额合理：

   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。但若因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按劳动合同约定要求赔偿，且扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
   • 解析：公司扣罚迟到员工的金额需合理，不能过高，且扣除后的工资不得低于当地最低工资标准。

不合法情况

1. 缺乏规章制度或未公示：

   • 解析：若公司未依法制定关于迟到扣钱的规章制度，或制定了但未进行公开公示并告知员工，那么对迟到员工的扣钱行为可能不合法。

2. 扣罚金额不合理：

   • 解析：若扣罚金额过高，导致劳动者工资明显不合理减少，甚至低于当地最低工资标准，或扣除比例显失公平，那么公司的扣钱行为可能违反法律。

3. 特殊情况下的迟到：

   • 解析：若员工因不可抗力等合理原因导致迟到，如自然灾害、突发疾病等，公司仍扣工资则不合理，应考虑实际情况予以豁免或减轻处罚。

其他注意事项

• 劳动者权益保护：若劳动者认为公司的迟到扣工资规定不合理或存在违法情况，可通过协商、申请调解、仲裁或提起诉讼等方式维护自己的合法权益。
• 法律法规的适用：在处理迟到扣工资等劳动争议时，除《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》外，还需参考《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》等相关法律法规，以确保争议得到妥善解决。

总结与建议：公司因员工迟到扣钱是否合法，需综合考虑规章制度的制定和执行是否符合法律规定、扣罚措施是否合理等因素。作为劳动者，若遇到不合法或不合理的扣钱行为，应勇敢维护自己的合法权益；作为公司，在制定和执行相关规章制度时，应确保内容合法、合理，并已进行公开公示告知员工，以维护劳动者的合法权益和企业的正常管理秩序。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。