结论：公司上班迟到一分钟扣200元，这一做法是否违法，需结合具体情况判断，但一般情况下，这种扣款方式可能涉嫌违法。以下从不同角度进行分析：
一、从规章制度合法性角度分析
规章制度需合法合理：
- 根据《劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。规章制度的内容必须合法、合理，且需经过民主程序制定，并向劳动者公示或告知。
- 如果公司规章制度中明确规定了迟到扣款的条款，但该条款未经过民主程序制定，或者未向劳动者公示或告知，那么该条款可能因程序违法而无效。
扣款金额需合理：
- 即使规章制度中规定了迟到扣款，扣款金额也需合理。一般来说，扣款金额应与迟到造成的实际损失相当，且不得超过劳动者当月工资的20%，也不得低于当地最低工资标准。
- 迟到一分钟扣200元，这一金额显然过高，可能超出了合理范围，因此可能涉嫌违法。
二、从实际损失角度分析
迟到造成的实际损失：
- 迟到一分钟对公司的实际损失通常较小，可能仅涉及一些微小的生产或服务延误。
- 如果公司无法证明迟到一分钟造成了200元的实际损失，那么扣款200元就缺乏合理依据。
扣款与损失相当原则：
- 根据劳动法的原则，用人单位对劳动者的经济处罚应与劳动者造成的实际损失相当。如果扣款金额远高于实际损失，那么这种扣款方式就可能涉嫌违法。
三、从劳动者权益保护角度分析
劳动者权益保护：
- 劳动者享有获得劳动报酬的权利，用人单位不得随意克扣或拖欠劳动者的工资。
- 如果公司因迟到一分钟就扣款200元，这实际上是对劳动者劳动报酬的非法克扣，侵犯了劳动者的合法权益。
维权途径：
- 如果劳动者认为公司的扣款行为违法，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
四、建议与总结
建议：
- 对于公司而言，应制定合法合理的规章制度，明确迟到等违纪行为的处理方式和扣款标准，并确保这些规章制度经过民主程序制定并向劳动者公示或告知。
- 对于劳动者而言，如果遇到公司非法扣款的情况，应保留好相关证据，如工资条、扣款通知等，并及时向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
总结：
- 公司上班迟到一分钟扣200元，这一做法在一般情况下可能涉嫌违法。因为扣款金额过高，可能超出了合理范围，且可能缺乏实际损失的依据。如果劳动者遇到这种情况，应积极维护自己的合法权益。
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