公司扣了迟到两分钟两百元，这一行为通常是不合法的。以下从不同角度对此问题进行分析：
一、法律依据角度
根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关劳动法规，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。其中，关于工资支付的规定明确指出，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。迟到两分钟属于轻微的劳动纪律问题，通常不构成严重违反用人单位规章制度的行为，因此，用人单位以此为由扣除劳动者两百元工资，缺乏法律依据。
二、规章制度合法性角度
即使用人单位在规章制度中规定了迟到罚款的条款，该条款也必须符合法律法规的规定，且不得违反公平、合理原则。具体来说：
规章制度制定程序：用人单位的规章制度应当经过民主程序制定，并向劳动者公示或告知。如果规章制度未经民主程序制定或未向劳动者公示，则该规章制度对劳动者不具有约束力。
罚款幅度合理性：即使规章制度中规定了迟到罚款的条款，罚款的幅度也应当合理。迟到两分钟扣除两百元工资，显然超出了合理的范围，可能被视为对劳动者权益的侵害。
三、实际操作建议角度
与用人单位协商：劳动者可以首先与用人单位进行协商，要求用人单位撤销不合理的罚款决定，并补发被扣除的工资。
向劳动监察部门投诉：如果协商无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉，要求劳动监察部门对用人单位的违法行为进行调查和处理。
申请劳动仲裁：如果劳动监察部门未能解决问题，劳动者还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求用人单位支付被扣除的工资及可能产生的经济补偿。
四、可能产生的法律后果角度
如果用人单位坚持执行不合理的罚款决定，可能面临以下法律后果：
被责令支付工资及经济补偿：劳动监察部门或劳动争议仲裁委员会可能责令用人单位支付被扣除的工资，并可能要求用人单位支付经济补偿。
受到行政处罚：用人单位的违法行为可能受到劳动行政部门的行政处罚，如罚款等。
影响企业形象：不合理的罚款行为可能损害用人单位的企业形象，降低员工对企业的信任度和归属感。
总结与建议：公司扣了迟到两分钟两百元的行为通常是不合法的。劳动者可以与用人单位协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。如果用人单位坚持执行不合理的罚款决定，可能面临法律后果和声誉损失。因此，建议用人单位在制定和执行规章制度时，务必遵守法律法规的规定，确保规章制度的合法性和合理性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。