结论：一天工资两百，因迟到一分钟扣两百，这种做法一般是不合法的。以下从多个角度进行分析：
法律法规角度
根据《工资支付暂行规定》第十六条：“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。”
在此案例中，迟到一分钟通常不会给用人单位造成直接的经济损失，或者即使造成了损失，也很难量化到两百元这么高的金额。因此，用人单位以此为由扣除劳动者两百元工资，很可能违反了上述规定中关于扣除工资比例和最低工资标准的要求。
劳动合同和规章制度角度
劳动合同约定：如果劳动合同中明确规定了迟到一分钟扣除两百元工资的条款，那么该条款是否有效呢？根据《劳动合同法》的相关规定，劳动合同中的条款应当合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用。如果该条款显失公平或者违反了法律法规的强制性规定，那么该条款可能是无效的。
规章制度规定：用人单位的规章制度也是判断该行为是否合法的重要依据。如果规章制度中明确规定了迟到一分钟扣除两百元工资，并且该规章制度已经经过民主程序制定、公示或者告知劳动者，那么该规章制度对劳动者具有一定的约束力。但是，如果规章制度的内容违反了法律法规的强制性规定或者显失公平，那么该规章制度也是无效的。
实际操作建议
与用人单位协商：如果劳动者认为用人单位的扣除工资行为不合法，可以首先与用人单位进行协商，要求用人单位返还被扣除的工资。
申请劳动仲裁：如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求用人单位返还被扣除的工资，并可能要求用人单位支付相应的经济补偿。
提起诉讼：如果劳动仲裁结果不满意，劳动者还可以向法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。
举例说明：假设某劳动者的月工资为6000元，按照《工资支付暂行规定》第十六条的规定，每月最多只能扣除其工资的20%，即1200元。如果因为迟到一分钟就扣除两百元，显然超过了这一比例限制。而且，如果扣除后的工资低于当地最低工资标准，用人单位还需要按照最低工资标准支付工资。
总结：一天工资两百，因迟到一分钟扣两百的做法一般是不合法的。劳动者在遇到这种情况时，可以与用人单位协商、申请劳动仲裁或者提起诉讼来维护自己的合法权益。如果你有进一步的法律问题或者需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。