停工留薪期单位发底薪是否合法，需结合具体情况判断，但多数情况下仅发底薪是不合法的。以下是对此问题的详细分析：
一、法律规定
根据《工伤保险条例》第三十三条的规定，职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。这里的“原工资福利待遇”是一个综合性的概念，它不仅包括了职工的基本工资，还涵盖了奖金、津贴、补贴等各项福利，即职工在正常出勤状态下所能获得的全部收入。
二、合法性分析
工资构成简单的情况：
- 如果员工的工资结构仅仅包含基本工资，没有其他形式的津贴、奖金等额外收入，那么在停工留薪期间，单位只需支付这部分基本工资即可视为合法。
工资构成复杂的情况：
- 在实际工作中，大多数员工的工资构成往往更加复杂，除了基本工资外，还包括了各种形式的津贴、奖金等额外收入。在这种情况下，单位若仅支付基本工资而忽略了其他部分的收入，则显然违反了《工伤保险条例》的相关规定，因为员工应享受与原来相同的工资待遇。
三、实际操作建议
与单位沟通协商：
- 如果员工发现单位在停工留薪期间仅支付底薪，而自己的工资构成中包含了其他形式的收入，那么员工首先可以尝试与单位进行沟通协商，要求其按照规定支付全额工资。
向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁：
- 若协商无果，员工有权向当地的劳动监察部门进行投诉，或者通过劳动仲裁等法律途径来维护自己的合法权益。在投诉或申请仲裁时，员工需要提供相关的证据材料，如工资条、劳动合同等，以证明自己的工资构成和单位未足额支付工资的事实。
四、注意事项
停工留薪期的确定：
- 停工留薪期一般根据医疗机构的证明来确定，具体期限可能因伤情而异。员工应确保自己的停工留薪期得到医疗机构的明确证明，以便在维权时提供有力的证据。
保留相关证据：
- 在维权过程中，员工需要保留好与工资支付相关的所有证据材料，如工资条、银行转账记录、劳动合同等。这些证据材料将有助于证明员工的工资构成和单位未足额支付工资的事实。
综上所述，停工留薪期单位发底薪是否合法需结合具体情况判断。在多数情况下，如果员工的工资构成中包含了除基本工资外的其他形式收入，那么单位仅支付底薪是不合法的。员工应积极采取措施维护自己的合法权益，如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。