结论：停工留薪期公司先停后补是否合法，需根据具体情况判断。若公司未经协商或未遵循法定程序擅自停发工资，后补发也不合法；若公司因特殊原因暂时停发，后经合法程序补发，且符合《工伤保险条例》规定，则可能合法。

分析如下：

1. 合法情况：

   • 协商一致：若公司因特殊原因（如资金周转困难等）需暂时停发停工留薪期工资，但与员工进行了充分沟通，并取得了员工的同意，且后续按照约定进行了补发，这种行为在双方协商一致的情况下，可以视为合法。但需注意，这种协商一致需建立在平等、自愿的基础上，且不得违反法律法规的强制性规定。
   • 法定情形：根据《工伤保险条例》，职工因工作遭受事故伤害或患职业病需暂停工作接受医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。若公司因特殊原因（如不可抗力、政府行政命令等）导致暂时无法支付，但后续在条件允许的情况下及时进行了补发，且符合《工伤保险条例》关于停工留薪期工资支付的规定，那么这种先停后补的行为可能被视为合法。但这种情况较为特殊，且需有充分的证据支持。

2. 不合法情况：

   • 未经协商单方决定：若公司未经与员工协商，擅自单方面决定停发停工留薪期工资，即使后续进行了补发，也侵犯了员工的合法权益。因为根据《中华人民共和国劳动合同法》，用人单位变更劳动合同应与劳动者协商一致，并采用书面形式。停工留薪期工资是员工应得的劳动报酬，公司无权擅自停发。
   • 违反停工留薪期规定：根据《工伤保险条例》，停工留薪期一般不超过12个月，特殊情况可适当延长，但不得超过12个月。若公司停发工资的时间超过了法定的停工留薪期，或者未按照规定支付停工留薪期工资（如未按月支付、支付金额不足等），即使后续进行了补发，也构成违法行为。

法律建议：

• 对于员工：若遇到公司擅自停发停工留薪期工资的情况，应首先与公司进行沟通协商，要求公司按照法律规定支付工资。若协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
• 对于公司：应严格遵守《工伤保险条例》等法律法规的规定，按时足额支付员工停工留薪期工资。若因特殊原因需暂时停发，应与员工进行充分沟通并取得同意，且后续需及时补发。同时，公司应建立健全的工资支付制度，确保员工的合法权益得到保障。

可能后果：

• 对于公司：若擅自停发停工留薪期工资且未及时补发，可能面临劳动监察部门的处罚、员工的劳动仲裁申请以及可能的民事赔偿等法律后果。
• 对于员工：若公司擅自停发工资且未及时补发，员工有权通过法律途径维护自己的权益，包括要求公司支付拖欠的工资、加付赔偿金等。

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