结论：员工在交通事故中承担次要责任且轻微受伤，即使对方已赔付，公司仍有可能需要认定为工伤，具体取决于是否符合工伤认定的条件。

分析说明：

1. 工伤认定的基本条件：

   • 根据《工伤保险条例》的相关规定，员工在上下班途中，受到非本人主要责任的交通事故或者城市轨道交通、客运轮渡、火车事故伤害的，应当认定为工伤。这里的关键是“非本人主要责任”，即员工在事故中承担次要责任或无责任。

2. 对方已赔付的情况：

   • 对方赔付的是基于交通事故的侵权责任赔偿，这与工伤赔偿是两个独立的法律关系。即使对方已经赔付了员工的医疗费用、误工费等，这并不影响员工根据工伤保险条例申请工伤认定和享受工伤保险待遇。

3. 公司是否需要认定为工伤：

   • 如果员工在事故中承担次要责任，且符合工伤认定的其他条件（如是在上下班途中发生的交通事故），那么公司应当按照工伤保险条例的规定，为员工申请工伤认定。
   • 工伤认定后，员工可以享受工伤保险待遇，包括医疗费用报销、伤残津贴、一次性伤残补助金等。这些待遇与对方赔付的金额无关，是员工依法应享有的权益。

4. 特殊情况考虑：

   • 如果员工在事故中承担主要责任或全部责任，那么根据工伤保险条例的规定，将不被认定为工伤。
   • 另外，如果员工已经通过其他途径（如商业保险）获得了足够的赔偿，且这些赔偿已经覆盖了工伤保险待遇的范围，那么员工可能不再需要申请工伤认定。但这并不影响公司根据法律法规为员工申请工伤认定的义务，只是员工在获得赔偿后可能不再需要实际享受工伤保险待遇。

行动建议：

• 员工方面：如果员工在上下班途中发生交通事故且承担次要责任，建议及时向公司报告，并按照公司的要求提供相关证明材料，以便公司为其申请工伤认定。
• 公司方面：公司应当积极履行义务，为员工申请工伤认定，并协助员工办理相关手续。如果公司拒绝或拖延申请工伤认定，员工可以向当地劳动保障行政部门投诉或申请劳动仲裁。

法律后果：

• 如果公司未按照规定为员工申请工伤认定，且员工因此未能享受工伤保险待遇的，公司可能需要承担相应的法律责任，包括赔偿员工因此遭受的损失。

如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。