结论：员工下班被机动车撞伤且负次要责任，在符合一定条件下，是可以被认定为工伤的。
详细分析：
时间要素：
- 员工必须是在“上下班途中”遭遇的车祸。这包括正常工作的上下班时间，以及加班加点的上下班时间。例如，员工因工作需要加班至深夜，在回家途中遭遇车祸，即符合时间要求。
事故要素：
- 车祸必须属于交通事故范畴，即《道路交通安全法》所规定的道路上发生的车辆交通事故。员工在下班途中被机动车撞伤，显然属于此类事故。
责任要素：
- 员工在事故中不负主要责任。这是判断能否认定为工伤的关键。根据您提供的信息，员工负次要责任，这符合工伤认定的责任要求。需要由交通管理部门出具的交通事故责任认定书来确定责任划分，这是申请工伤认定时的重要证据。
目的要素：
- 员工必须是在下班后直接回家或前往与工作相关的其他地点。如果员工下班后先去娱乐或购物再回家，期间发生车祸，则可能影响工伤的认定。但根据您的描述，员工是在下班途中直接遭遇的车祸，因此符合目的要素。
不能认定为工伤的例外情况：
- 如果员工在交通事故中被认定为负主要责任或全部责任，如闯红灯导致与车辆发生碰撞，那么所受伤害就不能认定为工伤。
- 如果员工下班后选择了一条非正常的工作路线回家，且在此路线上发生车祸，也可能影响工伤的认定。因为这不属于正常的“上下班途中”。
工伤认定申请流程：
- 员工如果认为自己在下班途中遭遇车祸属于工伤，应在规定时间内（一般为事故发生后的30日内）向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
- 申请时需提交相关证明材料，包括交通事故责任认定书、医疗证明、身份证明等。
- 社会保险行政部门将根据实际情况进行认定，并出具工伤认定决定书。
建议：
- 在遭遇此类情况时，员工应及时收集并保存好相关证据，如交通事故责任认定书、医疗证明等，以便在申请工伤认定时提供有力支持。
- 如果对工伤认定流程或相关法律法规有疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律指导和建议。
综上所述，员工下班被机动车撞伤且负次要责任，在符合时间、事故、责任和目的等要素的情况下，是可以被认定为工伤的。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。