事业单位发放双份绩效是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、合法情形
绩效考核制度明确规定：
- 如果事业单位的绩效考核制度中明确规定了，在特定条件下（如超额完成工作任务、获得特殊荣誉等）可以发放双份绩效，且该制度经过了合法的制定程序（如职工代表大会或全体职工讨论、与工会或职工代表平等协商确定等），那么发放双份绩效是合法的。
特殊奖励或激励措施：
- 事业单位为了激励员工，可能会设立一些特殊奖励或激励措施，如创新奖、突出贡献奖等，这些奖励可能以绩效的形式发放，且数额可能超过常规绩效。如果这些奖励措施是合法制定的，并且符合相关法律法规的规定，那么发放双份绩效（即常规绩效加特殊奖励绩效）也是合法的。
二、不合法情形
无合法依据的发放：
- 如果事业单位没有合法的绩效考核制度或特殊奖励措施，而是随意决定发放双份绩效，那么这种行为可能缺乏合法依据，构成违法发放。
违反财务规定或审计要求：
- 事业单位作为公共机构，其财务活动受到严格的监管和审计。如果发放双份绩效违反了相关的财务规定或审计要求（如超预算、超标准发放等），那么这种行为也是不合法的。
损害其他员工权益：
- 如果发放双份绩效是基于不公平、不透明的标准或程序，导致部分员工获得不正当的利益，而其他员工则受到不公平的对待，那么这种行为可能损害了其他员工的权益，也是不合法的。
三、法律建议
审查绩效考核制度：
- 事业单位应审查其绩效考核制度是否合法、合规，并确保制度的制定程序符合相关法律法规的规定。
确保公平透明：
- 在发放绩效时，事业单位应确保标准的公平性和透明性，避免出现不公平、不透明的现象。
遵守财务规定和审计要求：
- 事业单位应严格遵守相关的财务规定和审计要求，确保绩效的发放符合预算和标准。
咨询专业法律意见：
- 如果事业单位对发放双份绩效的合法性存在疑问，建议咨询专业律师或相关法律机构，以获取准确的法律意见。
如果您对事业单位发放双份绩效的合法性有进一步疑问，或遇到相关劳动纠纷，可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况，提供详细的法律解释和建议。