结论：事业单位将部分工资作为绩效发放是否合法，需结合具体情况判断，包括劳动合同、单位规章制度、绩效发放的合理性及程序合法性等因素。以下从不同角度详细分析：
一、劳动合同与单位规章制度
劳动合同约定：
- 如果劳动合同中明确约定了工资构成，包括基本工资和绩效工资，且绩效工资的发放条件和标准清晰，那么事业单位按照合同约定将部分工资作为绩效发放是合法的。
- 如果劳动合同中没有明确约定工资构成，或者约定模糊，那么事业单位单方面将部分工资作为绩效发放可能缺乏合同依据，存在法律风险。
单位规章制度：
- 事业单位应制定完善的规章制度，明确绩效工资的发放条件、标准、程序等。如果规章制度合法、合理且经过民主程序制定（如职工代表大会讨论通过），并已向劳动者公示或告知，那么按照规章制度发放绩效工资是合法的。
- 如果规章制度存在违法、不合理之处，或者未经民主程序制定，或者未向劳动者公示或告知，那么按照这样的规章制度发放绩效工资可能不合法。
二、绩效发放的合理性
绩效与工作表现挂钩：
- 绩效工资应与劳动者的工作表现、工作成果等紧密挂钩。如果事业单位能够证明绩效工资的发放与劳动者的工作表现、工作成果等存在合理关联，那么发放绩效工资是合法的。
- 如果绩效工资的发放与劳动者的工作表现、工作成果等无合理关联，或者存在不公平、不公正的情况，那么发放绩效工资可能不合法。
绩效发放的透明度：
- 事业单位应确保绩效发放的透明度，让劳动者清楚了解绩效工资的发放条件、标准、程序等。如果绩效发放过程不透明，劳动者对绩效工资的发放存在疑虑或不满，可能引发劳动纠纷。
三、程序合法性
民主程序：
- 如前所述，事业单位制定涉及劳动者切身利益的规章制度（如绩效工资发放制度）时，应经过民主程序制定，如职工代表大会讨论通过等。这是确保规章制度合法性的重要环节。
公示或告知程序：
- 事业单位应将制定的规章制度向劳动者公示或告知，确保劳动者了解并遵守。如果未履行公示或告知程序，劳动者可能主张规章制度对其不产生约束力。
四、法律建议
审查劳动合同和规章制度：
- 劳动者应仔细审查自己的劳动合同和单位的规章制度，了解工资构成和绩效工资的发放条件、标准、程序等。如果发现存在问题或不合理之处，应及时与单位沟通或寻求法律帮助。
保留证据：
- 劳动者应保留与工资发放相关的证据，如工资条、银行流水、劳动合同、规章制度等。这些证据在发生劳动纠纷时可能起到关键作用。
寻求法律帮助：
- 如果劳动者对绩效工资的发放存在疑虑或不满，且无法与单位协商解决，可以寻求法律帮助。作为专业律师，我可以根据具体情况提供法律咨询和法律服务，帮助劳动者维护自己的合法权益。
举例说明：假设某事业单位与劳动者签订的劳动合同中明确约定了工资构成包括基本工资和绩效工资，且绩效工资的发放条件为完成一定的工作任务或达到一定的工作业绩。同时，该单位制定了完善的绩效工资发放制度，并经过了职工代表大会讨论通过和公示。在这种情况下，该单位按照合同约定和规章制度将部分工资作为绩效发放是合法的。