两个公司合并后进行绩效考核本身并不违法，但具体合法性需视绩效考核的方式、内容及实施过程是否符合法律法规而定。以下从不同角度进行详细分析：

1. 绩效考核的合法性基础

绩效考核作为企业管理的一种手段，其本身并不违反法律。公司合并后，为了评估员工的工作表现、激励员工提升工作效率，进行绩效考核是合理且必要的。关键在于绩效考核的实施必须遵循公平、公正、公开的原则，且不得违反相关法律法规。

2. 绩效考核需遵守的法律法规

• 劳动法相关规定：绩效考核应当遵循《中华人民共和国劳动法》及其相关配套法规，确保不侵犯员工的合法权益。例如，绩效考核标准应当明确、合理，不得设置不切实际的目标或标准来刁难员工；考核结果应当作为员工薪酬调整、晋升、解雇等决策的依据之一，但不得单独作为解雇的唯一理由，除非员工确实无法胜任工作且经过培训或调整工作岗位后仍不能胜任。

• 反歧视法：绩效考核过程中，公司不得因员工的性别、年龄、种族、宗教信仰、残疾等法定保护特征而进行歧视性考核。所有员工应当受到平等对待，考核标准应当一视同仁。

• 数据保护法：如果绩效考核涉及员工个人数据的收集、处理和使用，公司应当遵守《中华人民共和国个人信息保护法》等相关法律法规，确保员工个人数据的合法、正当、必要处理，并采取必要措施保护员工个人数据的安全。

3. 绩效考核实施过程中的注意事项

• 透明度：公司应当向员工明确说明绩效考核的标准、流程、方法以及考核结果的应用方式，确保员工对绩效考核有充分的了解。

• 参与权：员工有权参与绩效考核标准的制定过程，或者至少有权对考核标准提出意见和建议。这有助于增强考核的公正性和员工的接受度。

• 申诉机制：公司应当建立有效的申诉机制，允许员工对考核结果提出异议并申请复核。这有助于及时纠正考核过程中的错误或不公现象。

4. 违法后果

如果公司在合并后进行的绩效考核违反了相关法律法规，如存在歧视性考核、侵犯员工隐私、未提供申诉机制等违法行为，员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动争议仲裁/诉讼。公司可能面临行政处罚、民事赔偿等法律后果。

建议：两个公司合并后进行绩效考核时，务必确保考核方式、内容及实施过程符合相关法律法规的要求。如有任何疑问或需要进一步的法律指导，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供专业的法律意见。