公司扣绩效考核工资是否合法，主要取决于绩效考核制度的合法性、明确性，扣除比例的合理性，以及扣除后工资是否低于最低工资标准等多个因素。以下是对此问题的详细分析：
合法情况
绩效考核制度合法且明确
- 制度依据：公司应制定明确的绩效考核制度和薪酬管理制度，这些制度需经过民主程序（如职工代表大会或全体职工讨论）制定，并向劳动者公示或告知。绩效考核制度应明确考核标准、考核周期、考核结果的应用等关键内容。
- 合同约定：劳动合同中应明确载明绩效工资与绩效考核结果的挂钩关系，包括具体的挂钩方式和扣减情形。若劳动合同中有此类约定，且公司能证明员工绩效未达标，则按照合同约定扣减绩效工资通常是合法的。
- 合理性与公正性：绩效考核过程应公开透明，确保考核结果的客观性和公正性。扣减工资的比例和幅度应合理，避免过度扣减导致劳动者收入过低。
- 法律底线：扣减后的工资不得低于当地最低工资标准，这是保障劳动者基本生活权益的重要底线。
经济损失赔偿合法
- 当员工因故意或重大过失给公司造成经济损失时，公司可按照劳动合同约定要求其赔偿。但赔偿的扣除需符合《工资支付暂行规定》，即每月扣除部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
不合法情况
绩效考核制度不合法或不明确
- 若公司没有相关的绩效考核制度，或虽有制度但未经法定的民主程序制定，则随意以绩效考核为由扣绩效工资是不合法的。
- 绩效考核标准若设定得过于苛刻、不合理，或模糊不清，使员工无法明确知道如何达到考核要求，则以此为依据扣减绩效工资也是不合法的。
滥用绩效考核扣工资
- 公司不得以绩效考核为手段进行恶意扣减或无故克扣工资，如为降低成本而故意将大部分员工评定为不达标并扣绩效工资，这种行为是违法的。
劳动合同或规章制度无相关约定
- 若劳动合同或企业规章制度中没有明确约定绩效工资，或公司单方面从原有固定工资中拆分出一部分作为绩效工资，则无权以绩效考核为由扣除绩效工资。
扣除后工资低于最低工资标准
- 即使绩效考核制度合法，但如果扣除绩效工资后员工的实际工资低于当地最低工资标准，这种扣除也是违法的。
员工权益维护途径
- 与用人单位协商解决：员工首先应与公司沟通协商，了解扣减绩效工资的具体原因和依据，并表达自己的意见和诉求。
- 向劳动行政部门投诉：若协商无果，员工可向当地劳动行政部门投诉，寻求政府部门的帮助和支持。
- 申请劳动仲裁或提起诉讼：如问题仍无法解决，员工可向劳动仲裁机构申请仲裁，或在必要时向人民法院提起诉讼，通过法律途径来维护自身合法权益。
举例说明：假设某公司制定了一套绩效考核制度，但未经职工代表大会讨论通过，也未向员工公示。后来，公司以某员工绩效不达标为由扣减了其绩效工资。在这种情况下，由于绩效考核制度本身不合法，公司扣减绩效工资的行为就是违法的。员工有权向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司补发工资。
综上所述，公司扣绩效考核工资是否合法需综合考虑多个因素。员工在面临此类问题时，应充分了解自己的权益和维权途径，并在必要时寻求我的法律帮助以确保自身权益不受侵害。