单位制定绩效考核制度本身是合法的，但关键在于绩效考核制度的制定和执行过程必须符合法律法规的要求，不能侵犯劳动者的合法权益。以下是对这一问题的详细解答：
一、绩效考核制度的合法性基础
绩效考核是企业管理中的一种常见手段，旨在通过评估员工的工作表现，激励员工提高工作效率和质量，从而推动企业的整体发展。从法律层面来看，单位有权根据自身的经营需要和管理需求，制定绩效考核制度。然而，这一制度的制定和执行必须遵循相关法律法规，确保公平、公正、公开，并充分保障劳动者的合法权益。
二、绩效考核制度制定和执行的合法性要求
民主程序：绩效考核制度的制定应当经过民主程序，即应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。这是确保制度合法性和合理性的重要步骤。
公示或告知：确定后的绩效考核制度应当向劳动者进行公示或告知，确保劳动者了解并认同制度的内容。这是保障劳动者知情权的重要体现。
合法解除劳动关系：如果用人单位根据绩效考核结果决定解除与劳动者的劳动关系，必须确保这一决定符合《劳动合同法》的相关规定。具体来说，用人单位不能仅因劳动者的业绩表现在单位考核中居于末尾就直接解除劳动关系。如果劳动者确实不能胜任工作，用人单位应当先对其进行培训或者调岗，未经上述调整或培训即解除劳动关系的，应属违法解除劳动关系。
三、绩效考核制度中的常见问题及法律风险
“末位淘汰制”的合法性：一些企业将“末位淘汰制”作为绩效考核的形式写入规章制度或劳动合同中，并根据考核结果辞退排位靠后的劳动者。然而，这种做法存在法律风险。因为“末位”并不等同于“不能胜任工作”，用人单位不能仅凭“末位”就解除劳动关系。
考核标准的模糊性：如果绩效考核标准模糊、不明确，或者考核过程不透明、不公正，就容易引发劳动争议。因此，用人单位在制定绩效考核标准时，应当尽可能客观、具体、可量化，确保考核过程的公正性和透明度。
考核结果的滥用：一些用人单位可能将绩效考核结果与劳动者的收入、岗位能力等过度挂钩，甚至以此作为降薪、调岗或解除劳动关系的依据。这种做法不仅可能侵犯劳动者的合法权益，还可能影响企业的稳定和发展。
四、建议
完善绩效考核制度：用人单位应当建立健全绩效考核制度，明确考核标准、程序、结果应用等关键环节，确保制度的合法性和合理性。
加强沟通与协商：在制定和执行绩效考核制度过程中，用人单位应当加强与劳动者的沟通与协商，充分听取劳动者的意见和建议，确保制度的公平性和公正性。
依法处理劳动争议：如果发生劳动争议，用人单位应当依法处理，积极与劳动者协商解决，避免矛盾激化。如果无法协商解决，可以寻求劳动仲裁或法律诉讼等途径解决争议。
综上所述，单位制定绩效考核制度本身是合法的，但必须确保制度的制定和执行过程符合法律法规的要求，充分保障劳动者的合法权益。