工资做绩效考核在符合一定条件下是合法的，但若违反相关法律法规或劳动合同约定，则属于非法行为。以下是对此问题的详细分析：
合法情况
明确的规章制度与民主程序：
- 用人单位必须依法制定绩效考核制度，并经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定。这一过程中需充分听取并考虑员工意见，确保制度的合理性和公正性。例如，制度中应明确规定绩效考核的标准、方式及绩效工资扣减的具体情形和比例，且这些规定不得违反法律法规的强制性规定。
劳动合同中的明确约定：
- 劳动合同中应明确载明绩效工资与绩效考核结果的挂钩关系，包括具体的挂钩方式和扣减情形。若劳动合同中有此类约定，且用人单位能证明员工绩效未达标，则按照合同约定扣减绩效工资通常是合法的。
合理的绩效考核标准与证据支持：
- 绩效考核标准应设定得合理、明确，不超出员工正常能力范围，且易于理解和执行。同时，用人单位需有充分的证据证明员工的绩效确实未达到考核标准，如员工签字确认的绩效评估表、工作任务完成记录等。
扣除后工资不低于最低工资标准：
- 即使扣除绩效工资，劳动者的工资收入也不得低于当地最低工资标准，这是保障劳动者基本生活权益的重要底线。
非法情况
缺乏制度依据或未经民主程序：
- 若用人单位没有相关的绩效考核制度，或虽有制度但未经法定的民主程序制定，则随意以绩效考核为由扣绩效工资是不合法的。
考核标准不合理或不明确：
- 绩效考核标准若设定得过于苛刻、不合理，或模糊不清，使员工无法明确知道如何达到考核要求，则以此为依据扣减绩效工资是不合法的。
滥用绩效考核扣工资：
- 用人单位不得以绩效考核为手段进行恶意扣减或无故克扣工资，如为降低成本而故意将大部分员工评定为不达标并扣绩效工资，这种行为是违法的。
劳动合同或规章制度无相关约定：
- 若劳动合同或企业规章制度中没有明确约定绩效工资，或用人单位单方面从原有固定工资中拆分出一部分作为绩效工资，则无权以绩效考核为由扣除绩效工资。
应对措施
如果劳动者认为用人单位以绩效考核为由扣减工资的行为不合法，可以采取以下措施维护自己的合法权益：
与用人单位协商沟通：
- 要求用人单位说明扣减工资的依据和理由，尝试通过协商解决争议。
向劳动监察部门投诉：
- 如协商无果，可向当地劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理。
申请劳动仲裁：
- 如投诉仍无法解决问题，劳动者可依法向劳动仲裁机构申请仲裁，通过法律途径维护自己的权益。
实际案例与法律后果
在实际案例中，法院已多次判决用人单位因未能提供充分证据证明其扣减绩效工资的合理性而需补发劳动者的绩效工资并支付经济补偿。这强调了用人单位在制定和执行绩效考核制度时，必须严格遵守相关法律法规和劳动合同约定，确保考核的公平公正和合法合规。否则，用人单位可能面临补发工资、支付经济补偿甚至更严重的法律后果。
综上所述，工资做绩效考核的合法性取决于用人单位是否遵循了合法、合理、公正、透明的原则，并履行了相应的告知义务。若用人单位未满足这些条件，则扣工资行为可能不合理甚至违法。劳动者在遇到此类问题时，应了解自己的权益和义务，并采取适当的措施维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。