公司扣工资做绩效考核是否合法，需分情况讨论：

1. 若绩效考核制度合法且员工同意：

   • 合法性基础：根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。同时，这些规章制度应当公示或者告知劳动者。
   • 具体情形：如果公司制定的绩效考核制度符合上述程序要求，且内容合法、合理，同时员工在入职时或制度修改后明确同意接受该绩效考核制度，并知晓工资中可能因绩效考核结果而被扣除的部分，那么公司根据绩效考核结果扣减工资是合法的。

2. 若绩效考核制度不合法或员工未同意：

   • 不合法情形：如果公司未按照法定程序制定绩效考核制度，或者制度内容违法、不合理（如考核标准模糊、主观性强、扣减工资比例过高且无正当理由等），那么该制度对员工不具有约束力。
   • 员工未同意：即使绩效考核制度本身合法，但如果员工在入职时或制度修改后未明确同意接受该制度，或者公司未以合理方式告知员工制度内容，那么公司也不能根据该制度扣减员工工资。
   • 法律后果：在这种情况下，公司扣减工资的行为可能构成克扣工资，员工有权要求公司补发被扣减的工资，并可能依据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，要求公司支付经济补偿金或赔偿金。

额外建议：

• 审查制度：员工在面对公司扣减工资做绩效考核时，应首先审查公司的绩效考核制度是否合法、合理，以及自己是否同意接受该制度。
• 保留证据：员工应保留好与工资、绩效考核相关的证据，如工资条、绩效考核表、公司规章制度等，以便在发生纠纷时维护自己的合法权益。
• 及时沟通：如果员工对公司的绩效考核制度或扣减工资行为有异议，应及时与公司沟通，表达自己的意见和诉求。
• 寻求法律帮助：如果沟通无果，员工可以向劳动监察部门投诉或寻求法律帮助，通过法律途径维护自己的合法权益。

总结：公司扣工资做绩效考核是否合法，取决于绩效考核制度的合法性和员工是否同意。员工在面对此类情况时，应仔细审查制度、保留证据、及时沟通，并在必要时寻求法律帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。