结论前置：单位在员工请假时不扣工资，但在离职时要求全部扣清的做法，一般是不合理的，且可能违反相关法律法规。以下从不同角度进行分析：
一、从劳动合同和规章制度的角度分析
劳动合同约定：
- 根据《劳动合同法》的相关规定，劳动合同应当明确约定劳动报酬、工作时间、休息休假等事项。如果劳动合同中明确规定了请假不扣工资，那么单位在离职时要求全部扣清，就违反了劳动合同的约定，员工有权拒绝。
规章制度规定：
- 单位的规章制度也是劳动合同的重要组成部分。如果规章制度中明确规定了请假不扣工资，或者没有规定离职时需要扣回请假期间的工资，那么单位的要求同样是不合理的。
- 即便规章制度中有相关规定，也需要确保这些规定不违反法律法规的强制性规定，且已经经过民主程序制定并公示，否则可能因程序违法而无效。
二、从法律法规的角度分析
工资支付规定：
- 根据《工资支付暂行规定》等相关法律法规，单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。如果单位在员工请假期间不扣工资，可以视为是对员工的一种福利或者特殊安排。
- 离职时，单位应当按照员工实际工作的天数和劳动合同约定的工资标准支付工资，而不得无故扣减。如果单位要求扣回请假期间的工资，需要有合法的依据和合理的理由。
违法后果：
- 如果单位违反法律法规的规定，无故扣减员工工资，员工有权向劳动监察部门投诉或者提起劳动仲裁，要求单位支付被扣减的工资，并可能获得相应的经济补偿。
三、从实际操作和合理性的角度分析
实际操作：
- 在实际操作中，单位应当建立完善的工资支付和请假管理制度，明确请假期间的工资支付方式。如果单位在请假时不扣工资，应当在离职时按照实际工作天数和工资标准进行结算，而不是要求全部扣清。
合理性：
- 从合理性的角度来看，单位在员工请假时不扣工资，可能是出于对员工的一种关怀或者激励。然而，在离职时要求全部扣清，则显得缺乏合理性和人性化。这种做法可能会损害员工的权益，降低员工对单位的信任度和归属感。
建议：如果您遇到了单位在离职时要求扣回请假期间工资的情况，建议您先与单位进行沟通协商，明确双方的权利和义务。如果协商无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉或者提起劳动仲裁，维护自己的合法权益。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。