判决确认存在劳动关系后，赔偿的处理需根据具体赔偿项目及法律规定进行，核心结论如下：

1. 赔偿项目确定
   劳动关系确认后，赔偿范围通常包括：

   • 未签订书面劳动合同的双倍工资差额：根据《劳动合同法》第八十二条，用人单位自用工之日起超过1个月未签书面合同的，需支付双倍工资（最长不超过11个月）。
     
   • 未缴纳社保的补缴或赔偿：用人单位需补缴社保费用；若因未缴社保导致劳动者损失（如医疗费、失业金等），需赔偿实际损失。
     
   • 违法解除劳动关系的赔偿金：若用人单位违法解除合同，需支付赔偿金（标准为经济补偿金的2倍，经济补偿金按工作年限计算，每满1年支付1个月工资）。
     
   • 拖欠工资、加班费或未休年假工资：用人单位需补发拖欠的工资、加班费或未休年假的3倍工资（其中1倍为正常工资，2倍为补偿）。
     
   • 其他损失赔偿：如因劳动关系导致的工伤赔偿、职业病赔偿等，需按《工伤保险条例》等规定处理。

2. 赔偿处理流程

   • 协商解决：双方可自行协商赔偿金额及支付方式，达成一致后签订书面协议。
     
   • 劳动仲裁：若协商不成，劳动者可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，提交劳动关系确认判决、工资记录、考勤记录等证据。
     
   • 法院诉讼：对仲裁结果不服的，可在15日内向法院起诉，法院将根据证据和法律规定判决赔偿金额。
     
   • 执行阶段：若用人单位拒不履行判决，劳动者可申请法院强制执行，法院可查封、扣押、冻结用人单位财产或采取其他执行措施。

3. 注意事项

   • 时效性：劳动争议申请仲裁的时效为1年，自知道或应当知道权利被侵害之日起计算。
     
   • 证据保留：劳动者需保留劳动关系确认判决、工资条、考勤记录、工作证等证据，以证明赔偿请求的合理性。
     
   • 专业协助：赔偿计算涉及复杂法律规则（如双倍工资的起算点、经济补偿金的基数等），建议咨询律师以确保权益最大化。

如有具体赔偿项目或计算问题，可直接向我咨询，我会结合您的实际情况详细解答。