当法院判决确认存在劳动关系时，这意味着用人单位与劳动者之间的事实劳动关系已获法律认可，双方需依法履行《中华人民共和国劳动合同法》规定的权利和义务，且可能涉及一系列后续法律事宜及争议解决程序。以下是对此问题的详细分析：
一、劳动关系确认的法律效果及影响
受劳动合同法约束：
- 法院判决确认劳动关系后，双方均受《中华人民共和国劳动合同法》的约束。用人单位必须履行法律规定的各项义务，如签订书面劳动合同、支付劳动报酬、缴纳社会保险等。若未签订书面劳动合同，用人单位需向劳动者每月支付二倍的工资，并可能面临劳动行政部门的改正要求和罚款处罚。
对劳动者权益的保障：
- 工资及福利待遇：劳动者有权要求补发拖欠的工资，并享受相应的福利待遇，如社会保险、住房公积金等。
- 工伤认定及赔偿：劳动关系确认是进行工伤认定的前提。若劳动者被认定为工伤，有权享受工伤保险待遇；若用人单位未缴纳工伤保险，则需承担相应赔偿责任。
- 经济补偿或赔偿：在劳动关系解除或终止时，劳动者可能有权要求经济补偿或赔偿金，特别是因用人单位违法解除或终止劳动关系时。
对用人单位的规范要求：
- 履行法律义务：用人单位需依法支付工资、补缴社会保险、提供劳动保护和条件等，否则可能面临强制执行措施。
- 规范管理及避免纠纷：判决提示用人单位应反思并改进劳动用工管理，加强劳动合同管理，规范用工行为，以避免类似纠纷再次发生。
二、劳动关系确认后的权利义务明确
- 劳动者的权利：包括要求签订书面劳动合同、获得劳动报酬、休息休假、社会保险和福利等。劳动者应积极行使这些权利，维护自己的合法权益。
- 用人单位的义务：必须依法签订书面劳动合同，提供劳动保护、支付劳动报酬、缴纳社会保险费等。用人单位应严格履行这些义务，避免违法用工行为。
三、劳动关系确认的依据及争议解决
确认依据：
- 法院在判决时会参照工资支付凭证、社保缴费记录、工作证、招工登记表、考勤记录及其他劳动者证言等凭证。其中，工资支付凭证、招用记录、考勤记录等由用人单位负举证责任。
争议解决途径：
- 调解或仲裁：双方对劳动关系确认或相关权利义务履行发生争议时，可依法申请劳动争议调解或仲裁。这是解决劳动争议的重要途径，有助于双方达成和解或获得公正裁决。
- 上诉与执行：对法院判决不服的一方可在法定期限内提起上诉；判决生效后，若用人单位不履行义务，劳动者可申请强制执行。这确保了判决的权威性和执行力。
四、实际案例与启示
以敦煌市法院的一起案例为例，尽管双方未签订书面劳动合同，但法院根据工资支付凭证、劳动者的工作内容及受用人单位管理的事实，判决确认了双方存在事实劳动关系。这一案例进一步强调了劳动关系确认的重要依据和法律效果，也提醒用人单位和劳动者应重视书面劳动合同的签订和劳动用工的规范性。
总结与建议：
当法院判决确认存在劳动关系时，双方应严格遵守相关法律法规，履行各自的权利和义务。劳动者应积极行使自己的权利，维护自己的合法权益；用人单位应规范用工行为，避免违法用工行为的发生。如有任何争议或疑问，建议直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。