因公司乱扣工资而辞职，提交辞职申请上需要写辞职原因。下面我详细为你解释一下：

首先，从法律角度来看，辞职申请是员工向公司表达辞职意愿的正式文件。在这份文件中，写明辞职原因不仅是对公司的一种尊重，也是对自己权益的一种保护。如果后续因为辞职问题与公司产生纠纷，辞职原因可以作为重要证据，帮助证明你的辞职是出于合理且正当的原因。

其次，写明辞职原因有助于公司了解员工离职的真实情况，从而对公司内部的管理和制度进行反思和改进。这对于公司和员工双方来说，都是一种有益的沟通和反馈。

在具体写作时，你可以简洁明了地阐述公司乱扣工资的情况，并表达因此导致的辞职决定。例如：“因公司近期存在乱扣工资的情况，严重损害了我的合法权益，经慎重考虑，我决定辞去当前职务。”

总之，因公司乱扣工资而辞职时，在辞职申请上写明辞职原因是非常必要的。这既是对自己权益的保护，也是对公司的一种负责任的态度。如果你还有其他关于辞职或劳动纠纷的问题，可以随时向我咨询。