结论前置：超年薪标准发放工资是否合法，需结合具体情况判断，主要取决于是否符合法律法规的强制性规定以及劳动合同的约定。以下分情况详细说明：

1. 若年薪标准本身合法，且超额发放未违反法律法规
   若用人单位与劳动者约定的年薪标准本身不违反《劳动法》《劳动合同法》等法律法规的强制性规定（如不低于当地最低工资标准、未约定违法条款等），且超额发放工资是用人单位自愿行为（如奖金、提成、福利等），则属于合法范畴。例如：劳动合同约定年薪20万元，用人单位实际发放25万元（含年终奖），只要双方自愿且未损害劳动者权益，即合法。

2. 若年薪标准违法，或超额发放存在违法情形

   • 年薪标准违法：若年薪标准低于当地最低工资标准，或用人单位通过“年薪制”规避法定加班费、社保缴纳等义务（如将加班费包含在年薪中但未实际支付），则违法。例如：劳动合同约定年薪5万元，但当地最低工资标准为每月2000元（年薪2.4万元），此时年薪标准本身违法，超额发放无法掩盖违法性。
     
   • 超额发放违法：若超额发放部分涉及非法目的（如行贿、洗钱）或违反税收法规（如未代扣代缴个人所得税），则违法。例如：用人单位以“超额工资”名义向劳动者支付回扣，属于违法行为。

3. 劳动合同约定与实际发放不一致的处理
   若劳动合同明确约定年薪标准，但用人单位未足额发放（即使实际发放金额高于其他劳动者），劳动者仍有权要求用人单位按合同约定补足差额。反之，若用人单位超额发放，劳动者无需返还，除非双方另有约定（如“多发部分为预支奖金，需满足条件后归属”）。

建议：

• 对劳动者：若对工资发放有疑问，可要求用人单位提供工资明细，核对是否符合合同约定及法律法规；若发现违法情形，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
  
• 对用人单位：设计薪酬制度时需确保合法合规，避免以“年薪制”规避法定义务；超额发放工资时建议明确性质（如奖金、福利），避免纠纷。
  

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